В значительной мере успех был достигнут благодаря предварительной подготовке моряков и летчиков, а также настояниям самого Ямамото. В 1939–1940 годах японские горизонтальные бомбардировщики так плохо действовали по движущимся целям, что на флоте возникла мысль о том, что против кораблей выгоднее применять пикирующие бомбардировщики и торпедоносцы. Однако только что назначенный главнокомандующим Объединенным флотом, тогда еще вице?адмирал Ямамото предвидел, что не всегда необходимо бомбить подвижные цели. Видимо, уже тогда флотоводец понимал, что Япония сможет успешно начать войну только неожиданным нападением на неприятельскую базу, как то было в 1904 году с Порт?Артуром, и к этому готовил морскую авиацию.
Одновременно с началом Гавайской операции Ямамото приказал найти и уничтожить британский флот в Сингапуре либо в море. Несмотря на большое сопротивление, задача была выполнена. Первоначально для атаки американских аэродромов готовили легкие авианосцы «Рюдзе», «Дзуйхо» и «Касуга?мару», но они могли поднять всего 75 самолетов, а летчики не имели достаточной подготовки. Однако, благодаря тренировкам, пилотам японских истребителей «Зеро» удалось добиться такой дальности, что японцы смогли атаковать авиабазы противника со своих аэродромов на острове Формоза. Днем 8 декабря японской базовой авиации удалось истребить большинство американских самолетов на Филиппинах; в следующие дни вылеты японских летчиков принесли новые победы — к 13 декабря американцы лишились воздушных военных сил на островах. 10 декабря 1941 года японские самолеты берегового базирования, переброшенные по приказу Ямамото с Формозы в Индокитай для борьбы с английским флотом, потопили линейный корабль «Принс оф Уэлс» и линейный крейсер «Рипалс»; это позволило обезопасить войсковой конвой, направлявшийся для высадки в Малайе.
Неудачная попытка взять без поддержки авиации Уэйк, который защищали всего 4 истребителя «Уайлкэт», заставила Ямамото отправить к острову 2 авианосца из соединения Нагумо, возвращавшегося из рейда на Пёрл?Харбор. Только с их помощью, хоть и с запозданием, удалось овладеть островом.
Ямамото в январе послал на юг Тихого океана главные силы авианосного соединения Нагумо. Пользуясь ослаблением противника, в Ост?Индии в январе—марте 1942 года и в Индийском океане в апреле японский флот добился немалых успехов. Фактически были истреблены морские силы союзников, что позволило японцам беспрепятственно развивать десантные операции. Основную роль играла морская и базовая авиация.
В ходе операции по вторжению на Соломоновы острова и Новую Гвинею впервые японское авианосное соединение встретилось с американским. В Коралловом море 3 японским авианосцам противостояли 2 американских. Японцам в боях 7–8 мая удалось потопить «Лексингтон» и повредить «Йорктаун», лишившись всего одного легкого авианосца «Сехо». Они считали сражение в Коралловом море своей победой, однако от высадки на Новой Гвинее в Порт?Морсби пришлось отказаться. Потери опытных летчиков оказались столь велики, что оказалось необходимым обучение резерва. После сражения Ямамото выразил разочарование тем, что японские адмиралы оставили поле боя, не добив противника. Он был прав, ибо «Йорктаун» сыграл большую роль при Мидуэе.
На проходившем в начале мая на борту линкора «Ямато» совещании сравнили потери флотов Японии и неприятеля. Огромные успехи были достигнуты ценой малых жертв. Этот результат соответствовал тому духу уверенности в победе, который воспитывали в японском флоте. Японцы были уверены в своей мощи. Они рассчитывали, что после первых побед смогут принять натиск промышленно более развитого противника на дальних подступах к Японии. Трезвые головы, понимающие промышленное превосходство США, ожидали, что правительство обратится к противнику с предложением о переговорах. Однако после полосы сплошных успехов было принято решение продолжать боевые действия. Чтобы удержать благоприятное положение, следовало наносить удары и одерживать победы.
Налет на Японские острова, который 18 апреля 1942 года совершили 16 американских бомбардировщиков с авианосца «Хорнет», поторопил Ямамото. Японцы считали, что самолеты взлетели с атолла Мидуэй. К этому времени флот уже разработал операцию против Мидуэя, и Ямамото добился ее проведения. Захват Мидуэя и Алеутских островов отодвигал далеко на восток линию патрулирования японского флота и не позволял американцам наносить с островов удары по Японии. Ямамото рассчитывал, что операция привлечет все оставшиеся силы американского флота и его удастся уничтожить в сражении, для которого адмирал собрал 350 кораблей с экипажами в 100 тысяч человек и 1000 самолетов. Японский флот имел преимущество также благодаря превосходной подготовке и боевому опыту моряков и летчиков.