После этого случая Сен-Мар стал требовать, чтобы узника перевели в Бастилию, и наконец получил такое распоряжение Пленника перевозили только ночью, и по дороге Сен-Мар всегда ложился спать рядом с графом. Комендант острова Сент-Маргерит имел собственное имение в Палто, и король пожелал прибыть туда, чтобы несколько дней провести с «Железной маской». Но короля захотели увидеть и крестьяне окрестных деревень, поэтому они тоже заметили таинственного узника. Заметили они также, что в столовой зале узник сидел спиной к окнам, напротив него с двумя пистолетами расположился Сен-Мар и служил им только один камердинер.
Пасмурным сентябрьским днем 1698 года перед подъемным мостом Бастилии остановился конный отряд. Капитан Сен-Мар вызвал стражу, предъявил ордер, и десятка два мушкетеров, окружавших портшез с траурными занавесками, проникли во внутренний двор знаменитой тюрьмы. Тюремное начальство знало о своем узнике только то, что прибыл он с острова Сент-Маргерит, а до этого содержался в крепости Пиньероль. Согласно предписанию, таинственного узника заключили в один из самых глухих казематов башни Бертодьер: разговаривать с ним запрещалось, но обходились с пленником очень почтительно.
В то время комендант Бастилии получил от королевского двора несколько таинственных писем:
«Милостивый государь! В случае, если кто-нибудь придет разузнать об арестованном, который сегодня утром препровожден в Бастилию по королевскому указу, то прошу вас не давать никаких сведений. Согласно воле Его Величества и препровождаемым при сем приказом, является желательным, чтобы никто не знал о вышеупомянутом арестованном решительно ничего, даже его имени.
Приказав поместить в темницу моего Бастильского замка важного пленника, я пишу вам это письмо для того, чтобы вы знали, что я желаю, чтобы вы приняли упомянутое лицо и тщательно берегли его впредь до нового приказания. Вместе с тем, уведомляю вас, чтобы вы не позволяли упомянутому лицу ни под каким видом вступать в какие-либо сношения с кем бы то ни было — ни лично, ни письменно.
К нему никто не допускался, кроме занявшего место коменданта Бастилии Сен-Мара и майора Росаржа, который надзирал за пленником и прислуживал ему. Лечивший узника доктор Бейль никогда не видел лица его, хотя не раз осматривал его язык и другие части тела. Доктор говорил, что „Железная маска“ был весьма статен, имел смугловатый цвет кожи.
Гугенот И. Кардель одно время тоже находился в башне Бертодьер, где летом солнце жгло так сильно, что расплавляло свинец, а зимой снег проникал через решетку и замерзал на полу ледяной коркой. А „Железная маска“ находился еще ниже башни Бертодьер. Были слышны вздохи и стоны пленника, и майор Росарж, несколько покровительствовавший гугеноту, сказал однажды, что заметил, как тот прислушивается к этим звукам. А потом добавил: „Если вы когда-нибудь будете в сношениях с заключенным по соседству с вами, хотя бы только в разговоре, то будете казнены в тот же самый день, как об этом узнают“. С тех пор гугенота и других заключенных, содержавшихся в башне Бертодьер, лишили прогулок по саду: по той только причине, чтобы они, проходя по лестнице, не могли случайно о чем-нибудь узнать.
В безмолвии прожил узник пять лет в своей одиночной камере, а в начале ноября 1703 года он занемог, но не придал этому значения. Однако через несколько дней состояние его ухудшилось, и он умер 19 ноября 1703 года. Тело узника завернули в простыню и через день погребли в церкви Святого Павла (по другой версии — на тюремном кладбище) в присутствии майора Росаржа и доктора Бейля. В церковной книге указано, что узнику было 45 лет: перед погребением ему отрубили голову, которую потом изуродовали. После похорон все находившиеся в его комнате предметы (кровать, столы, стулья и т. д.), даже двери и окна были сожжены, а вся посуда переплавлена. Камеру, которую занимала „Железная маска“, выскоблили, заново оштукатурили и побелили.
В разное время в связи с другими обстоятельствами возникали и другие гипотезы об имени таинственного узника, но все они, как и выше приведенные, не были подкреплены достоверными фактами, а часто и противоречили друг другу. В 1795 году была предложена версия, которая как будто бы получила некоторые подтверждения и могла потому претендовать на некоторую долю вероятия. Автор ее исходил из двух непреложных истин: названия крепости Пиньероль, в которой первоначально находился таинственный узник, и имени, под которым он был похоронен, хотя оно и вымышленное: Маччиоли. Однако оно очень напоминает имя, принадлежавшее реальному историческому лицу, хорошо известному современникам. Маттиоли.