В 1710 году в Суздаль для набора рекрутов приехал майор Степан Глебов. Узнав, что царица мерзнет и голодает, он принял участие в ее судьбе и через духовника послал Евдокии Федоровне богатые дары: две песцовые шкурки, пару соболей и 40 собольих хвостов. Майор был молод и богат, а духовник и приближенная монахиня Каптелина — корыстолюбивы; он подкупил их, и они уговорили царицу принять его. Молодое сердце царицы кипело страстями, она не устояла против чар С. Глебова и горячо полюбила его, о чем свидетельствуют хранящиеся в архивах ее письма.
Свет мой, батюшка мой, душа моя, радость моя, знать, уже зло-проклятый час приходит, что мне с тобою расставаться. Лучше бы мне душа моя с телом рассталась. Как мне на свете быть без тебя? Как живот быть?.. Уж нет мне тебя милее, ей Богу, любезный друг мой. За что ты мне таково мил? Носи, сердце мое, мой перстень, меня люби, а я такой же себе сделала… я тебя до смерти не покину и ни на час не забуду. Как мне будет твою любовь забыть, как жить мне без тебя, душа моя… Что ты меня покидаешь, кому меня вручаешь, ох друг мой, ох свет мой…
Он же, напротив, вскоре стал охладевать к ней, даже перестал скромничать по отношению к царице и не берег ее репутацию. По ночам без всякой осторожности приходил к ней, и хотя в монастыре еще не болтали об их связи, многие знали о ней. Но счастье Евдокии Федоровны продолжалось недолго, и через два года С. Глебов покинул ее окончательно. Мысли царицы опять вернулись к мечтам о возвращении на царский престол, она страстно молилась, но утешения не было. Игумен Досифей уговаривал царицу не роптать на Бога, продолжал утешать ее пророчествами, что она будет царицей, но проходили год, другой… А в феврале 1720 года в Суздаль приехал капитан-поручик Г. Скорняков-Писарев, окружил монастырь часовыми и никем не замеченный прошел прямо в келью Евдокии Федоровны. Тут же разнеслась по монастырю весть о прибытии грозного посланника царя, и многие предпочли спастись бегством. Посланный застал царицу в светлом платье, в телогрее и повойнике; он тут же приступил к осмотру ее сундуков, нигде не нашел монашеской одежды, зато нашел два письма, которые обличали царицу в связи с приближенными царевича Алексея. 14 февраля он забрал всех живших в кельях царицы стариц, девок и некоторых светских лиц и отправился с ними в Москву.
По дороге царица написала Петру повинное письмо, но оно не смягчило его сердце. Всех привезенных с царицей допрашивали и жестоко пытали; ужасные мучения многим развязали языки, и они рассказали все. Царь был жесток во время дознания и нисколько не сострадал прежней жене своей. Евдокии Федоровне устроили очную ставку с С. Глебовым. Она призналась, что «блудно жила с ним в то время, как он был у рекрутского набора». Пытки, которым подвергся несчастный офицер, были так ужасны, что исполнение смертного приговора ускорили, так как опасались, что долго он не протянет. 16 марта С. Глебова посадили на кол: тогда был сильный мороз, и чтобы продлить муки несчастного, его укутали в теплую меховую шубу и такие же сапоги и шапку. Смерть наступила более чем через двое суток.
Ключарю Федору Пустынному отрубили голову, игуменью Покровского монастыря Марфу и старицу Каптелину били кнутом, а потом сослали в тюрьму в Александровскую слободу… Царицу Евдокию Федоровну отправили в Успенский монастырь на Ладогу в сопровождении поручика Преображенского полка Ф. Новокщенова. Ему приказали: в дороге царицу крепко караулить, никого к ней не допускать, разговоров с ней не вести, писем и денег ей не давать, а всех приносителей брать под арест. Из прислуги с ней была отправлена одна только карлица.
В апреле Евдокию Федоровну доставили на место заключения. Успенский монастырь был бедным — ни ограды, ни забора, по его территории даже проходила проезжая дорога. Сам Ф. Новокщенов не знал, какие принимать меры, чтобы сторожить царицу. Ему приказали дожидаться другого офицера, которого пришлют на смену. Через месяц прибыл капитан С. Маслов с инструкцией, в которой опять ничего не говорилось о материальном содержании царицы. Боялись только переписки Евдокии Федоровны с монахинями, поэтому солдаты днем и ночью должны были ходить вокруг монастыря. О ней так мало заботились, что впоследствии келью для себя она построила на собственные деньги.
В декабре 1722 года С. Маслов доносил, что оба иеромонаха умерли и служить в монастыре некому. К тому же от сильных ветров на церкви обвалилась кровля, и за время дождей над Святым престолом и жертвенником «бывает такая великая течь», что службы отправлять невозможно. В феврале 1723 года по распоряжению Святейшего Синода для священнослужения к царице был прислан иеромонах Клеоник, которому приказали: «По званию своему поступать воздержанно и трезвенно, со всяким благоговением и подобающим искусством».