Она не препятствовала дружбе молодого Петра с Лефортом, хотя они целые дни, а часто и ночи проводили в забавах. Да и чего, казалось бы, можно было опасаться от юноши, который рос почти без всякого образования? Но так было только поначалу, и вскоре Софья стала примечать плоды своего заблуждения. Любовь народа к Петру увеличивалась, и потому намерения царевны не приглашать юного царя на заседания Тайного совета остались без внимания. В 1688 году он первый раз появился в собрании, поколебав ее надежду впредь располагать им по своему усмотрению. Присвоенная царевной власть начала колебаться, да и военные игры Петра, казавшиеся поначалу только потешными, для стрельцов становились опасными и страшными. Падению царевны немало способствовали и неудачи ее любимца Василия Голицына, который вел войну с турками. Но несмотря на них, царь Иоанн и царевна Софья приняли возвратившегося полководца милостиво; Петр же не хотел допускать его к себе, что было для Софьи очень значительным оскорблением. С того времени достаточно было малейшего повода, чтобы обнаружилась взаимная вражда их. Итакой случай вскоре представился…
Вместе с царями соправительница стала участвовать и в крестных ходах, публично появляясь перед народом, что уже было отступлением от обычая, так как девушке царского рода не полагалось быть на виду у людей. Участвовала царевна Софья и в торжественных проводах русского воинства, отправлявшегося в Крымский поход, и в других церемониях. 8 июля 1689 года память явления Казанской иконы Божьей Матери праздновалась обычным крестным ходом из Кремля в Казанский собор. На дворцовой площади, против угла Грановитой палаты, иконы встретил патриарх с духовенством, подал благословение царям, после чего процессия вступила под своды Успенского собора. Царевна Софья несла в поновленном окладе образ «О тебе радуется» и пришла в собор не с другими царевнами, а отдельно и в сопровождении пышной свиты. Ее наряд, по роскоши соперничавший с царским, поражал воображение. На величаво вскинутой голове царевны покоилась корона, искусно составленная из драгоценных камней и жемчуга в виде 12 башенок — по числу апостолов. По обеим сторонам короны на грудь Софьи ниспадали тройные ряды бриллиантов и огромных изумрудов. Поверх платья из толстого шелка, густо расшитого жемчугом и драгоценными камнями, она накинула отороченную черным лисьим мехом мантию — с виду простую и безыскусную, а на самом деле сотканную из самой дорогой материи.
В Успенском соборе государям пропели «Многие лета», потом участники шествия вновь подняли иконы, чтобы направиться в Казанский собор. Но тут Петр I вдруг строго потребовал от царевны Софьи, чтобы она осталась, так как женщинам участвовать в подобных процессиях не полагается. Царевна не отступала от своего намерения, Петр настаивал, и между ними произошел совершенно неприличной для праздничной обстановки спор. Царевна все же не послушалась, и Петр I, с трудом сдерживая гнев, покинул процессию и возвратился в Коломенское, даже не дождавшись конца церемонии. Оттуда он с супругой своей и со всей свитой отправился в село Преображенское.
В 1689 году Петр был еще несовершеннолетним, и регентство Софьи на законном основании могло бы продолжаться еще несколько лет. Но вот наступила историческая ночь с 7 на 8 августа — светлая летняя ночь, когда Петр внезапно был разбужен верными ему стрельцами, прискакавшими в Преображенское. Они сообщили, что царевна собрала вооруженное войско, чтобы напасть и убить его[31] [Существование плана покушения никакими документами не подтверждается, а вот войско в Кремле действительно было собрано]. Испуганный Петр прямо с постели, в одной сорочке и босой, бросился в конюшню, вскочил на коня и скрылся в ближайшем лесу. Вскоре принесли ему платье, он быстро оделся и, не теряя ни минуты, поскакал в Троицкий монастырь. Утром к нему приехали царица-мать Наталья Кирилловна и царица Евдокия Федоровна.
Из Троицкого монастыря Петр распространил прокламацию, в которой указывал, что против него учинен заговор, цель которого — уничтожить как его самого, так и близких ему людей, а посему требовал от войск своих защиты. Собранные по этому случаю генералы и полковники стали на сторону Петра, и царевна, узнав об этом, поспешила примириться с обиженным братом. Она посылала к нему для переговоров родственников, а потом патриарха, но те поняли, что о примирении невозможно даже думать, и решили не возвращаться к Софье. Тогда царевна сама отправилась в Троицкий монастырь, но в дороге через посланного ее известили, что Петр не намерен с ней видеться, и потому ей следует немедленно возвращаться в Кремль и вещать начальника стрельцов Ф. Шакловитого. Софья еще надеялась спасти себя с помощью брата Иоанна, но тот уговорил ее не противиться Петру. Однако она не спешила с переездом и по-прежнему расхаживала по Кремлю, гордо снося от придворных упреки в непристойном поведении.