Показания Ивана отличались от донесений Вознесенского священника И. Феоктистова и дьякона А. Иванова, обвинявших его в приверженности к расколу. Чтобы дознаться до истины, С. Яворский послал за Троицким попом Филиппом, но того уже не было в живых Место его занимал его сын Василий, который показал, что Иван, сын Аввакумов, в приходскую церковь к ним приходил лишь изредка. Тогда послали за подьячим Федором Чистовым и женой его Анной, но те уже перебрались из Москвы в Александровскую слободу. В Преображенском приказе ответили, что супругов Чистовых в Патриарший духовный приказ не поведут, а сами допросят их. Патриарший приказ не стал тягаться с Преображенским приказом и только сообщил, о чем следует спросить Чистовых Из переписки Преображенского приказа неизвестно, как он действовал в этом деле.
В середине сентября 1717 года умер князь Ф.Ю Ромодановский — управляющий Преображенским приказом, в начале 1718 года все были заняты делом царевича Алексея и царицы Евдокии Федоровны, и только летом вспомнили, что следует допросить Ивана, сына Аввакумова. Да и то лишь после поданного им прошения, в котором он писал:
„По донесению Вознесенского попа Ивана Феоктистова держится он в Патриаршем духовном приказе многое время напрасно, потому что де объявленный Троицкий поп и дьячок по допросам своим никакой вины на него, Ивана, не показали. А третий свидетель, показанный подьячий Чистов и жена его в Патриарший духовный приказ не сысканы… И чтоб повелено было его, Ивана, отпустить на поруки. С. Яворский повелел отпустить Ивана В то время „отпущенный на поруки“ до окончания дела должен был ежедневно являться в Приказ под страхом строгого наказания и даже заключения в тюрьму. Ходил ли Иван, сын Аввакумов, каждый день Патриарший духовный приказ или откупался — неизвестно, но; только в 1720 году он снова был доставлен сюда. Вспомнили о нем или какое обстоятельство возбудило новое подозрение к нему — тоже неизвестно, только допросы его на этот раз отличались новыми сведениями“.
Из Приказа церковных дел Ивана отправили в Санкт-Петербург, где он был препровожден к П. А. Толстому — члену Тайной канцелярии. Тот в присутствии Невского архимандрита Феодосия) вновь допросил Ивана, сына Аввакумова, который опять подтвердил, что „желает быть от усердия в вере православной, а от раскольников отрицается и их проклинает“.
В ноябре 1720 года Ивана, сына Аввакумова, отправили для исправления в Невский монастырь, но архимандрит Феодосии не захотел принять его и отправил назад в Тайную канцелярию. В письме архимандрит писал, что того сына Аввакумова, приняв для исправления, надлежит содержать, дабы он не утек, в твердом присмотре. А в Невском монастыре караульных мест малое число, и монастырь оградно не утвержден. А по исправлении, ежели мне его куда в другой монастырь отослать, то по указу из монастырской нашей канцелярии его, сына Аввакумова, не примут.
И архимандрит Феодосии посоветовал П.А Толстому отправить Ивана в Кириллов монастырь, но 7 декабря узник „в Санкт-Петербургской крепости за караулом умре, в бытность на карауле… Преображенского полка поручика Максима Дьякова“.
В 1723 году в Петропавловскую крепость был заключен украинский гетман Павел Леонтьевич Полуботок — сторонник независимой от русского царя гетманской власти, один из непримиримых противников петровских преобразований. Он принадлежал к числу самых доблестных малороссиян, и герб его рода был очень известен.
В свое время П. Л. Полуботок отказался участвовать в суде над царевичем Алексеем, с тех пор и разгорелась острая вражда между ним и Петром I. Когда русский царь принялся за уничтожение старинных привилегий Украины, гетман выступил с резким протестом, посылал в Иностранную коллегию челобитную, чтобы не нарушали содержания судов, прав и вольностей казацких. К челобитной была представлена и грамота с особыми пунктами о гетманских доходах (с чего они собирались и куда расходовались), о плате войску конному и пехотному, о войсковой канцелярии и т д.
Но Петр I разгневался на прибывших в Петербург посланцев Украины „за дерзкие речи государю“, и по приказу императора генерал-майор А. И. Ушаков взял под стражу гетмана и сопровождавших его лиц и всех отправил в Петропавловскую крепость. Сначала их посадили в одиночные камеры, потом соединили по четыре человека, а через неделю снова разъединили.
В тюрьме гетман сильно заболел, но лекарства принимать отказался и через три месяца после заключения умер в декабре 1723 года…