Ночью 2 августа 1793 года по приказу прокурора Конвента королеву отправили в тюрьму Консьержери. Ей пришлось одеваться в присутствии стражников, которым было приказано ни на секунду не выпускать королеву из виду. Муниципальные чиновники потребовали, чтобы королева показала им свои карманы. В них находилось только то, что у нее еще оставалось' пряди волос мужа и детей, маленькая таблица цифр, по которой она учила сына считать, бумажник с адресом детского доктора и портретами подруг ее детства — принцесс Гессенской и Мекленбургской, портрет госпожи де Ламбаль, молитвы к Святейшему сердцу Иисусову… Королеве разрешили оставить только платок и флакон, на случай, если ей сделается дурно.
В Консьержери обычно содержались государственные преступники, и Марию-Антуанетту, как частное лицо, поместили не в тюрьму, а в комнату, окна которой выходили на женский двор тюрьмы. Это была довольно большая комната — бывший зал Совета, где в прежние годы собирались королевские судьи, чтобы выслушивать жалобы заключенных. На стенах и на старых обоях, клочьями свисавших от сырости, еще виднелись следы королевских лилий. Перегородка разделяла помещение почти на две равных части: в дальней комнате поместили королеву, в передней постоянно находились два жандарма, наблюдавшие за ней день и ночь. Завернувшись в одеяло, Мария-Антуанетта целыми днями читала, пока хватало света. Ей было абсолютно все равно, был ли кто-нибудь в ее камере или нет, и нашлись любопытные, которым очень хотелось увидеть столь необычную узницу. В Консьержери королеву тоже не щадили и постоянно подвергали издевательским унижениям. Она не могла взять своего белья из Тампля, так как оно было там опечатано, и просила, чтобы ей прислали четыре рубашки и пару башмаков. Рубашки выдавались Марии-Антуанетте по одной через 10 дней, а два платья, которые у нее оставались, были уже истлевшими от постоянной сырости.
В тюрьме Консьержери только привратник Ришар и его супруга старались окружить королеву вниманием и предупредительностью и как-то смягчить бесчеловечные приказания общественного обвинителя Фукье-Тинвиля. Они выбросили из инструкции' все жестокие и бесчеловечные установления; благодаря этим людям у Марии-Антуанетты была довольно хорошая постель, они приносили ей приличную еду, старались сделать какой-нибудь сюрприз или доставить удовольствие, которые могли бы королеве понравиться. Глядя на них, и некоторые из жандармов стали выказывать сострадание, например, один из них наставлял других: "Главное — старайтесь не говорить с ней о ее детях".
Такое отношение к королеве тюремщиков давало надежду ее друзьям, бывшим на свободе. В частности, графиня Жансон пыталась подкупить одного капуцина, граф Мерси прислал из Брюсселя деньги, но Дантон гордо ответил, что смерть французской королевы не входит в его расчеты и что он согласен покровительствовать ей без всякого вознаграждения. 3 сентября к королеве привели некоего шевалье де Ружвиля — французского гренадера, которому разрешили преподнести ей гвоздику. Среди лепестков Мария-Антуанетта нашла записку, где говорилось о возможности побега. Ответ королевы был перехвачен тюремщиками, но гренадер уже успел скрыться. Был еще один план побега, но для выполнения его нужно было убить двух жандармов, на что королева не соглашалась.
По "делу о гвоздике" Комитет общественного спасения решил провести дознание прямо в камере королевы, которая сначала все отрицала: никто не передавал ей никаких записок, хотя какой-то незнакомец приходил "во время ее нервного припадка". Тогда члены Комитета стали спрашивать Марию-Антуанетту, что ей известно о политическом положении на тот момент, знает ли она о победах французской армии, сохранила ли "отношения с внешним миром". Но она отвечала, что знает лишь то, о чем слышала от стражников, и заявляла, что беспокоит ее только счастье Франции. После этого допрос снова вернулся к "делу о гвоздике", и в один день королеву допрашивали два раза.
После допроса Марию-Антуанету перевели в другую камеру. К этому времени она была уже так слаба и измучена, что некоторые члены Конвента даже стали надеяться, что королева умрет своей смертью. А между тем общественность требовала смертного приговора для "подлой австриячки", и 9 сентября якобинцы потребовали ускорить судебный процесс и исполнить приговор, которого ждала вся Франция.
Общественный обвинитель Фукье-Тинвиль так и не смог собрать досье против Марии-Антуанетты, хотя были просмотрены все ее личные бумаги и письма. Не найдя многих документов, Фукье объявил, что они были уничтожены во время бегства королевской семьи из Парижа, и для обвинения этого оказалось достаточно. Кроме того, были использованы обвинения дофина Людовика XVII, который якобы свидетельствовал против своей матери. Председатель Революционного трибунала во время заседания обвинил Марию-Антуанетту в пагубном влиянии на короля Людовика XVI: "Это вы научили Луи искусству обмана, с помощью которого он лгал своему народу, который привык ему верить". Потом королеве напомнили об октябрьских днях 1789 года, ее ответственности за развязывание войны и вновь обвинили по "делу о гвоздике". В суде Мария-Антуанетта была одна против своих обвинителей, никто не указал ей, как вести себя и как защищаться. С защитниками, которых ей назначили, у королевы было три свидания, во время которых их разговоры подслушивали.