Свой вариант по доставке Т. Костюшко в российскую столицу разрабатывал и начальник Тайной экспедиции граф А. Н. Самойлов. На случай, если маршрут конвоя пройдет через Москву, он послал своего гонца к московскому генерал-губернатору П. П. Долгорукому. В письме говорилось, чтобы пленник "нимало не останавливаясь, проехал через Москву ночью и удален от всех любопытствующих".
В Петербурге руководителя польского восстания заключили в Комендантский дом Петропавловской крепости, причем приказано было содержать его на особом положении. Узнику казалось, что его поместили в глубокий колодец, куда не долетают ни шум жизни, ни солнечный луч. Больная нога приковала его к койке, и целыми днями он вынужден был лежать на спине, видя перед собой только мглисто-серый потолок, цвет которого лишь к закату чуть-чуть теплел. Первые дни заключения Т. Костюшко вел внутренний спор со своим прошлым; как историк, анализировал важнейшие этапы восстания и каждый из них рассматривал с двух сторон — как событие протекало в действительности и как оно могло бы происходить, если бы удалось провести в жизнь те радикальные реформы, которые он считал нужными. Но на кого из своих генералов он мог положиться? Почти все они были заинтересованы в поражении восстания, ведь победа народа лишила бы их шляхетских привилегий…
Ежедневные допросы и душевные муки по поводу поражения вызвали у Т. Костюшко глубокую депрессию. Он страдал от головных болей, бессонницы и обмороков, отказывался от пищи. Сказывались и последствия тяжелых ранений… На допросах Т. Костюшко отрицал, что хотел ввести в Польше тот порядок правления, который тогда существовал во Франции, но признал, что имел сведения о намерениях революционной Франции субсидировать польское восстание деньгами. Он откровенно заявлял, что, если бы Франция могла содействовать возвращению Польше отнятых у нее областей и установлению в стране формы правления, согласной с желаниями польского народа, он лично не препятствовал бы заключению польско-французского трактата. Не скрывал Т. Костюшко и того, что Польша заключила бы союз и с Турцией, если бы та объявила войну России.
Почти ежедневно генерал-прокурору А. Н. Самойлову доносили о каждом слове и действии, а также физическом и душевном состоянии узника: находился "в превеликой задумчивости" или"грусти", "беспрестанно плакал", сидел "с утра до вечера на одном месте". В декабре генерал-прокурор передал узнику в крепость послание, в котором говорилось: "Река не позволяет мне приехать Вас видеть… сие время употребите в пользу. Вот вам бумага, на которой положите апологию жизни вашей; начните с обстоятельств, принадлежащих до конституции 3 мая (1791 г. — Ред.)и продолжите до дня Вашего плена".
"Апологию" своей жизни Т. Костюшко изложил в очень лаконичной форме — по-французски, крупным и четким почерком, с минимальным числом упоминаемых фамилий. Впоследствии генерал-прокурор предлагал "главному бунтовщику" дополнительные вопросы, но ответы того были столь же краткими и почти не содержали материала, необходимого следствию для обвинения других вождей восстания.
Вскоре от Т. Костюшко отступились и даже перестали требовать от него соблюдения тюремного режима. Екатерина II, по-видимому, не собиралась строго наказывать бывших подданных польского короля. Императрице поскорее нужно было дипломатически оформить третий раздел Польши, и для укрепления своей позиции в переговорах с Пруссией ей совсем не помешали бы добрые отношения с оказавшимися в плену мятежными поляками. Поэтому охране Т. Костюшко было приказано внимательно следить за его здоровьем, сам генерал-прокурор не раз хлопотал об оказании медицинской помощи вождю повстанцев. Узнику стали давать газеты, разрешили иметь книги; кроме различных сортов мяса, дичи, рыбы, печений и сладостей, посылали анчоусы, пряности, лимоны, водку, различные вина и много чего другого.
В конце марта 1795 года Т. Костюшко "по причине слабого здоровья позволили прогуливаться в саду, когда он пожелает, с тем дабы при нем в то время по два офицера находились". Однако "болезнь господина Костюшко никак не уменьшилась", и в мае узник "вдруг сделался отчаянно болен", лекарства ему не помогали. По высочайшему повелению пленника, как только ему стало немного лучше, перевезли в дом Штегельмана, находившийся на набережной Мойки, где его должен был лечить лейб-медик императрицы Д. Роджерсон[59] [Режим содержания сподвижника Т. Костюшко — талантливого поэта Ю. Немцевича — был намного суровее. Императрица не простила ему дерзких высказываний о польском сейме, и он был заключен в страшный Алексеевский равелин]. Потом Т. Костюшко очутился в Мраморном дворце графа Г. Г. Орлова, где окна были без решеток, кругом — красивые вещи и заботливая прислуга, и он стал понемногу поправляться. Разрешили ему и поездки по городу, а когда он решил заняться токарным ремеслом — тут же доставили все для этого нужное. Екатерина II даже поговаривала о даровании Т. Костюшко свободы, однако намерения своего не исполнила.