Я хотел начать дело с вершины этого правительственного кабака в том убеждении, что, разрушив ее, я бы поднял коснеющий в невежестве и рабстве народ на завоевание своих прав — человеческих и гражданских.
Дальше М. С. Бейдеман давал резкую критику всего уклада тогдашней жизни России и заканчивал свои показания так: "У меня остается только чувство досады к самому себе за то, что я не исполнил того, что задумал. Раскаяние в чем бы то ни было далеко от меня; я всегда буду презирать тот омут разврата, грабежа, застоя и всяких гадостей, который губит Россию". Так царская охранка совершенно неожиданно для себя обнаружила, что М. С. Бейдеман готовил цареубийство, причем без всякого давления с чьей-либо стороны.
Князь В. А. Долгоруков, шеф жандармов, увидев свою фамилию в общем списке сволочи и гнили, прочитал и о том, что именно на нем следует покончить с телесными наказаниями в России. А как должен был отнестись к заявлению М. С. Бейдемана император Александр II, прочитав такие яркие нападения на свою личность и свою политику? И кто это пишет? Какой-то ничтожный поручик-арестант, осмелившийся возвысить свой голос из темницы? К тому же он решился не только мечтать, но даже готовился покончить с ним — царем-освободителем. Он, монарх, именовался вершиной правительственного кабака! Это было так невероятно, что у многих мелькнула мысль, а не с умалишенным ли они имеют дело…
В середине сентября 1861 года граф П. А. Шувалов посетил М. С. Бейдемана в тюрьме. Отчет о своем посещении он отправил в Ливадию, где в то время находился император. Граф трактовал дело М. С. Бейдемана как неудавшееся покушение на цареубийство и благодарил провидение, удержавшее руку преступника. В своем отчете П. А. Шувалов сообщал и о том, чего в показаниях узника не было: в случае удачи его предприятия народу было бы объявлено, что это акт мести со стороны дворянина, который мстил царю за отмену крепостного права, призыв к революции. М. С. Бейдеман задал следствию поистине нелегкую задачу. Признаваясь по своей воле в намерении цареубийства (а без его добровольного признания дело это никогда бы не было открыто!), он был сам себе единственным свидетелем и единственным обвинителем. Узнику был всего 21 год, и выдача им самого себя казалась властям делом нелепым и противоестественным. Да и все "дело М. С. Бейдемана" состояло из тех записок, которые он писал в Равелине, а деятельность III Отделения состояла исключительно в подшивании этих записок.
Сначала правительство предполагало предать М. С. Бейдемана военному суду, но побоялось, что процесс может вылиться в демонстрацию, и судьбу заключенного определили "до особого распоряжения". И потянулись томительные дни, недели и месяцы заточения… Узник оставался в своей прежней непримиримости и непреклонности, а между тем к делу приобщились и его литературные произведения: статьи "Славянофильство как принцип" и "Об учреждении ярмарки в м. Довское" и довольно большая поэма "Ванюша" — подражание древнерусской повести "Горе-Злосчастие".
После трех лет одиночества и сурового режима содержания стало заметно, что тяжелое заключение и безвыходность положения подействовали на М. С. Бейдемана морально и физически. Он потерял все волосы на голове, выглядел безжизненным. В новых записках он стал уже благонамеренно излагать свои мысли об устройстве Государственного совета, в верноподданническом письме на имя императора раскаивался в своих замыслах и давал новые показания: он, мол, намеревался отправиться к Гарибальди, но не имел на это средств и т. д. И главное — что заявленное ранее признание в намерении цареубийства сделано было им по легкомыслию и самообольщению…
А. Л. Потапов, сменивший графа П. А. Шувалова на посту управляющего III Отделением, после посещения узника составил такой отчет:
Он объяснил мне следующее относительно своей жизни, которое частью скрывал из тщеславия быть только интересным политическим лицом. Любя одну девицу, он встретил соперника, вызвал его на дуэль и для сего отправился в Финляндию. При виде убитого врага он понял всю тяжесть совершенного им преступления, и чтобы избежать кары закона… решил скрыться в Швеции и оттуда отправиться в Италию. Неимение средств остановило это предприятие, тогда он переехал в Англию, где содержал себя работой у Герцена. Безвыходность положения ожесточила его сердце, и тогда в уме его зародилась мысль сделаться государственным возмутителем. Первым шагом его на этом поприще было написание вышеизложенного манифеста, с которым он и прибыл обратно в Финляндию, поставив себе задачею пробраться в Архангельскую губернию и начать свою пропаганду среди тамошних раскольников. Но намерения посягнуть на цареубийство решительно у него не было никогда, и показание об этом вымышлено им уже в крепости…