В феврале 1882 года М. Ф. Фроленко судился по "Процессу 19-ти" вместе с другими террористами и был приговорен к смертной казни, которую потом ему заменили бессрочной каторгой. Сначала его заключили в Алексеевский равелин Петропавловской крепости, где узник начал болеть: "Он страдал цингой, ревматизмом и чем-то вроде остеомиелита, так что долгое время не владел рукой и был совершенно глух. И, кажется, ни одна система органов не оставалась у него не пораженной каким-либо недугом".
Если в прежней жизни М. Фроленко был практиком и ненавидел всякую отвлеченность, то после перевода в Шлиссельбург он пересмотрел свои убеждения, начиная с религиозных. Вопрос о бытии Бога стал очень занимать его, тем более что первым его товарищем по прогулкам был Исаев, страстно прильнувший к религии, утешавшей его в скорби. Преодолев многие сомнения, М. Фроленко говорил потом, что безличный Бог — Бог в смысле идейной истины, мировой души не давал ему удовлетворения. Он хотел бы верить в такого Бога, каким тот предстает на наивных деревенских иконостасах: Бога в виде седого старца, сидящего на облаках и благосклонно взирающего оттуда на весь мир.
В области экономики М. Фроленко подверг резкой критике теорию стоимости К. Маркса и стал ее ярым противником. Даже естественные науки не избежали его анализа: например, силу тяжести, вопреки закону И. Ньютона, он трактовал на свой лад, как и теорию Ч. Дарвина о происхождении жизни на земле. Когда М. Ю. Ашенбреннер, другой товарищ М. Фроленко по прогулкам, читал ему лекции по философии (Б. Спинозы, И. Канта и др.), он слушал очень внимательно и терпеливо. А через несколько дней заявил, что существование философии, как отдельной дисциплины, бесполезно и нелепо… М. Фроленко был человек чрезвычайно деятельный, и полная праздность в первые годы заключения (а он просидел в Шлиссельбурге 21 год) действовала на него угнетающе. Потом, когда завели огороды и мастерские, он стал усердно работать в них…
От рака желудка страдал Буцинский, на религиозной почве помешался Ювачев, таял от туберкулеза Ю. Н. Богданович — хозяин сырной лавки, располагавшейся на Малой Садовой улице, откуда в 1881 году шел подкоп для организации покушения на императора Александра II. От сильного нервного переутомления еще на воле страдал Грачевский, в тюрьме закончивший психическим заболеванием, сгорал от туберкулеза С. Златопольский…
Многие из заключенных теряли рассудок. У одних помешательство было тихое, безобидное; у других, напротив, — с буйными приступами ярости и вспышками горячечного бреда. Они громко хохотали, кричали, пели, и их крики среди тюремной тишины надрывали нервы здоровых узников.
Душевнобольным вошел в "Новую тюрьму" А. Арончик, у которого еще в Алексеевском равелине развилась мания преследования. Ему казалось, что он постоянно окружен врагами, самозванцами и шпионами; кроме того, узник страдал параличом ног и не мог ходить. В Шлиссельбурге арестант потерял последние остатки разума, два или даже три года он пролежал без движения — без жалоб и стонов, и от постоянного лежания у него образовались страшные пролежни. Он давно был безнадежен, но тюремная администрация в своих отчетах постоянно отмечала "хорошее поведение" заключенного. Некому было подать стакан воды этому сумасшедшему паралитику, от грязи и плохого ухода все его тело покрылось язвами, в которых кишели черви. Так, душевнобольным, не выходя из своей камеры, он прожил до 1888 года. Рассказывают, что, когда несчастный умер, новый смотритель (уже не "Ирод") увидел труп отстрадавшего мученика, и у него вырвалось: "Боже мой, до чего довели человека!"
Император Александр III из докладов министров прекрасно знал о положении душевнобольных арестантов в Шлиссельбурге, но не давал разрешения переводить их в больницы. В его царствование ни одного из психически заболевших не перевели из крепости в расчете на то, что пребывание душевнобольных со здоровыми и последних сделает больными.
Ужасный режим заточения в "Новой тюрьме" постепенно делал свое дело, и герои "Народной воли" один за другим сходили в могилу, не проронив ни слова раскаяния и не моля о пощаде. Когда за ними приходила смерть-избавительница, когда затихал последний страдальческий стон, наглухо запертая до тех пор камера с шумом распахивалась, и туда входили, бряцая оружием, жандармы. Безжалостными руками хватали они бездыханное тело и уносили…