За это время беглецы успели добраться до Владивостока, где они хотели сесть на один из иностранных кораблей и уплыть в Америку. Но иностранных кораблей в то время в порту не оказалось, и тогда И. Мышкин и Хрущов решили разъединиться: первый на пароходе "Константин" собирался отправиться в Одессу, а второй до поры до времени решил остаться во Владивостоке. Он отправился в полицейское управление, чтобы зарегистрировать свой паспорт, но только вошел туда и подал чиновнику свой документ, как тут же был задержан. Вскоре разыскали и И. Мышкина, и беглецов снова вернули на Кару…
За время их отсутствия с каторги решили бежать еще несколько человек, которые устроили подкоп, но его затопило водой. Тогда они решили повторить путь И. Мышкина и Хрущова: также товарищи клали на их нары чучела, также жандармы обратили на них внимание только тогда, когда число чучел достигло восьми. Когда обман заметили, поднялся переполох, на поиски беглецов были брошены огромные силы, и они были пойманы даже раньше И. Мышкина и Хрущова.
После этих побегов администрация тюрьмы решила навести порядок. На Нижние промыслы пригнали 600 казаков, и в ночь на 11 мая 1882 года несколько сот из них, с примкнутыми к ружьям штыками, бесшумно вошли во двор политической тюрьмы, открыли все камеры, стали стаскивать арестантов с нар и обыскивать. По приказанию тюремного начальства у них отбирали белье, постельные принадлежности и вообще все мелочи, которыми те пользовались как льготами. Некоторые из политкаторжан пробовали защищаться сорванными с нар досками, но их сопротивление послужило сигналом к общему избиению, причем некоторых заключенных казаки избили до полусмерти. Под конец тюремные власти разделили всех узников на группы и распределили их по разным уголовным тюрьмам. Партия, следовавшая на Усть-Кару, по дороге попросила разрешения остановиться на отдых, ведь люди с утра ничего не ели, а им нужно пройти еще 15 верст. Конвой отказал им в просьбе, и даже стал подгонять отставших штыками… Тогда заключенные, не закованные в кандалы, начали бросать в солдат камнями, после чего завязался неравный бой. Сопротивлявшихся избивали прикладами, многих связали, и только после этого вся партия продолжила путь.
В Кару партия прибыла под вечер, и арестантов по двое разместили в секретных казематах уголовной тюрьмы. Два месяца прожили здесь политические ссыльные на карцерном положении, почти не видя друг друга и ничего не зная о внешних событиях. Плохое и недостаточное питание и отсутствие прогулок быстро стало сказываться на их здоровье, не прошло и месяца как несколько человек оказались при смерти. Другие ослабли так, что не могли стоять на ногах. Однажды присланный из Верхнеудинска урядник Смирнов во время обыска нашел на чердаке тюрьмы револьвер. Следствию ничего не удалось выяснить, но 13 человек, признанных самыми опасными, отправили в Шлиссельбург (в их числе были И. Н. Мышкин, Н. Щедрин, И. Е. Минаков, Малавский, Долгушин и другие). В Шлиссельбурге их разместили по одиночкам — через камеру один от другого.
Тишина была мертвая, — писал М. Попов. — Кроме бряцания кандалов на моих ногах, да суетни жандармов по коридору, я ничего не слыхал. На другой день над моей камерой, справа и слева, послышался тот же звон кандалов. Я тотчас инстинктивно вскочил на стол и стал стучать ложкой в стену: "Кто?". Справа на мой вопрос — ни звука… Потеряв надежду справа, стучу налево, ответ был: "Я — Мышкин". С этого времени М. Попов стал по целым часам перестукиваться с И. Мышкиным, но все их попытки установить связь с другими узниками оканчивались неудачей.
В одной из камер Шлиссельбурга томился Малавский — сотоварищ Дейча и Стефановича по "Чигиринскому делу". "Удивительна судьба этого мирнейшего, казалось, из людей! Его положительно преследовал какой-то рок". Когда его сотоварищи благополучно бежали из киевской тюрьмы, Малавский тоже имел полную возможность бежать, однако не захотел этого делать. Улик против него не было, и он считал, что его обязательно оправдают и отпустят на свободу. Однако суд приговорил его к ссылке на поселение, Малавский же считал это вопиющей несправедливостью и поспешил обратиться в Сенат. Но там иначе взглянули на "дело Малавского", ведь после побега арестованных из киевской тюрьмы из рук следствия ускользнули главные виновники. И тогда сенаторы решили отыграться на Малавском: они так "внимательно" отнеслись к прошению арестованного, что вместо простой ссылки приговорили его к 20 годам каторжных работ. Его отправили на Кару, но возмущенный Малавский по пути совершил побег, но на воле ему не повезло: за побег суд прибавил ему к прежнему сроку еще 15 лет. Однако арестант оказался настойчивым и, оказавшись на Каре, снова совершил побег. Узник был пойман, и уже как опасный преступник доставлен в Шлиссельбург.