Избалованный многочисленными победами, он стал домогаться взаимности знатной девушки Яндры делла Скала, тайно поселившейся в Болонье, спасаясь от преследований инквизиции. Однако убежище ее все же было обнаружено, и так как ее обвиняли в чародействе, то вскоре и арестовали. Вместе с нею арестовали и Бальтасара Коссу, но это вызвало возмущение в городе. Ведь он был братом могущественного «адмирала» Гаспара, подданного Неаполя, что сильно осложняло суд над школяром. И инквизиция решила несколько «отступить», объявив самого Б. Коссу не колдуном, а лишь совращенным колдуньей Яндрой и поддавшимся ее колдовским чарам.
Арестованных поместили в тюремные камеры при дворе подеста, и после первого же допроса Бальтасар убедился, что им нечего надеяться на снисхождение. Даже если они покаются в грехах содеянных и несодеянных… Воспользовавшись стилетом, который ему тайно передали друзья, он завладел одеждой одного из стражников и ускользнул из темницы. На воле он связался с братом Гаспаром, и тот прибыл в Болонью с десятью дюжинами своих головорезов. Еще около сотни плечистых молодцов со свирепыми лицами предоставил некий кондотьер, а Бальтасар собрал самых отчаянных студентов. Февральским утром 1385 года дворец подесты был взят штурмом и прекрасная Яндра освобождена. Вскочив на заранее приготовленных лошадей, Бальтасар и девушка вместе с людьми Гаспара и несколькими школярами, не захотевшими расстаться со своим вожаком, умчались из города, который даже не успел еще окончательно проснуться.
Бальтасара потянуло к прежнему ремеслу, и несколько лет он занимался морским и сухопутным разбоем на территории от Туниса до Марокко и от испанских земель до Сицилии. Они грабили жителей городов и селений, богатые поместья Берберии, откуда ящиками выносили золотую посуду; из церковных ризниц забирали золотые и серебряные подносы, дискосы, чаши, расшитые золотые хоругви, серебряные ризы и золотые урны, реликварии с мощами святых… Бальтасара мало интересовали, под знаком креста или полумесяца шли попадавшиеся им навстречу корабли, ведь золото христиан и золото мусульман одинаково блестело на солнце. Но однажды он порвал с пиратством и из «грозы морей» превратился в слугу Божьего. Что заставило его сделать это? Настойчивые увещевания матери? Нежные просьбы Яндры, неотлучно находившейся при нем, или развитый инстинкт самосохранения? Однако и после принятия духовного сана Бальтасар не сделался смиренным…
Иоанн XXIII, в душе которого продолжал жить морской разбойник, проявил повышенный интерес к мирским делам. Именно при нем в невиданных до тех пор масштабах развернулась торговля индульгенциями. Верховный понтифик занимался также ростовщичеством, торговал церковными должностями и, призывая других к праведности, сам вел чудовищно безнравственную жизнь, за что позднее его назвали «рабом плоти».
Б. Косса воевал с неаполитанским королем, но в этой борьбе ему не повезло, и он вынужден был искать убежище во Флоренции. Но встретили его там очень негостеприимно, и тогда он обратился к германскому императору Сигизмунду, даже согласился на созыв нового собора и обещал подчиниться его решению. Констанцский собор, открывшийся 5 ноября 1414 года, обернулся для Иоанна XXIII катастрофой. Члены собора объявили, что власть собора следует считать выше власти папы. Б. Косса пришел в ужас и отчаяние от этого решения и, опасаясь, что собор для него превратится в трибунал, переоделся в одежду конюха и тайно бежал в город-крепость Шафхаузен, принадлежавший его покровителю — австрийскому герцогу Фердинанду. Б. Косса надеялся, что без него собор окажется недееспособным, и из крепости писал германскому императору Сигизмунду:
Я снова свободен и независим от Вас, примкнувшего к моим злейшим врагам. Я чувствую себя здесь прекрасно. Но, несмотря на все, я не отказываюсь от своего обещания отречься от престола. Я сделаю это ради установления мира в церкви. Но я сам решу, когда это сделать.
Однако бегство поставило Иоанна XXIII в бесправное положение, отторгнув его от течения соборных дел. Сторонники собора собрались вместе и выработали то знаменитое решение, по которому собор осенен именем Духа Святого и потому бегство папы не может помешать его работе. Остался тверд и император Сигизмунд, на которого бегство Иоанна XXIII не произвело никакого впечатления. Император спас собор, предотвратив его роспуск, на котором настаивали некоторые кардиналы, и даже обещал заставить папу Иоанна XXIII вернуться. К нему отправили депутацию, но «повернувшись к послам, Косса демонстративно и цинично начал почесывать зад». Его сторону приняли некоторые кардиналы, и порой ему казалось, что он уже выиграл. Однако надежды его вскоре рассеялись: собор отлучил Б. Коссу от церкви. И вскоре он, когда-то въезжавший в город как триумфатор на белом иноходце во главе торжественной процессии, был взят в плен, и его вернули в Констанц уже как обвиняемого.