В этой тюрьме Я. Гус чуть не умер, но враги не хотели его преждевременной смерти и добились перевода в другую камеру, где воздух был здоровее. Он начал понемногу поправляться, хотя оставался еще таким слабым, что с трудом говорил. Но и тогда папа прислал к нему трех епископов, чтобы те допросили его. Епископы привели с собой 15 свидетелей, которые показывали против Я. Гуса; он просил, чтобы ему позволили выбрать защитника, на что ему отвечали, что у еретика не может быть никаких защитников. Ему даже не позволили ни о чем спросить «свидетелей».
Вскоре после допроса Я. Гусу прислали бумагу, в которой против него выставили обвинительные статьи и указали 44 места из его сочинений, где он проповедует ересь. И хотя Я. Гус был еще очень слаб и писал с трудом, на обвинения он ответил очень обстоятельно. Монастырская тюрьма была не единственным местом заключения Я. Гуса: из нее его перевели в темницу замка Готлебен. В монастыре вся стража и все служители уже привыкли к своему узнику, полюбили его и очень удивлялись, что тот, кого преследуют как богоотступника, скорее похож на святого человека. Ему позволяли писать письма и передавали их его друзьям (как и ему от них); разрешали даже видеться с теми, кто приезжал в Констанц… В новой тюрьме все было иначе. В замке Я. Гуса посадили в камеру, которая имела четыре неполных шага в длину и менее двух шагов в ширину, а единственной мебелью были два неотесанных бревна. Ноги узника заковали в цепи, которые никогда не снимали, а ночью и руки цепями приковывали к стене. Пищу давали очень плохую, а порой и вовсе морили голодом, запретили переписываться с друзьями, а книг и вовсе не давали. И Я. Гус опять начал хворать…
Друзья просили императора Сигизмунда, хотя бы на время выпустить узника из тюрьмы, чтобы он мог оправиться от болезни. Они давали поручительство, что он не будет делать ничего против воли Собора, но все их усилия были напрасны. А между тем Я. Гус и в новой тюрьме подружился с некоторыми стражниками, которые стали потихоньку передавать его послания друзьям.
На заседании Собора среди многих обвинений, предъявленных Я. Гусу, главным было то, что он совершал причащение под двумя видами — не только для духовных лиц, но и для мирян. Обвинялся он и в отрицании папского авторитета, булл великого понтифика, удалении из Праги немецких студентов, оскорблении духовенства и т. д. Допросы проводились с такой грубостью и клеветой, что стало ясно: дело клонилось к полному осуждению обвиняемого. Чувствовал приближение кончины и сам Я. Гус, но сохранял полное спокойствие и самообладание, хотя горько ему было, что не увидит он больше родной Чехии и друзей. Горько было думать, что церковь католическая остается неочищенной от грехов… Из темницы он написал четыре прощальных послания, ставшие его предсмертным завещанием.
Вас, начальствующих над другими, над богатыми и бедными, возлюбленных о Господе и верных, я прошу и увещеваю, чтобы вы были послушны Господу, слушали бы охотно. Его слова и доказывали то делами своими. Я прошу вас прилепиться к истине Божьей… взяв ее из Священного Писания и из поучений Святых отцов…
Я прошу государей, чтобы они разумно обходились со своими подданными и справедливо бы управляли ими.
Я прошу граждан, чтобы они добросовестно поступали в своем сословии…
23 июня 1415 года в кафедральном храме Констанца в присутствии императора состоялось последнее заседание Собора. Когда Я. Гуса стали обвинять в ереси, он хотел было оправдаться, но ему велели замолчать. Тогда он упал на колени и, подняв глаза к небу, стал молиться. Но когда стали зачитывать новые обвинения (например, будто бы он выдавал себя за четвертое лицо Троицы), он не выдержал и стал громко протестовать против этой нелепости. Но судьи вынесли приговор: сочинения Я. Гуса сжечь, а его самого, как нераскаявшегося и неисправимого еретика, лишить сана и передать в руки светской власти.
После оглашения приговора Я. Гуса возвели на помост, надели на него полное облачение, дали в руки чашу и еще раз предложили отречься от своего учения. Он отказался, и тогда начался обряд расстрижения: у него взяли из рук чашу, поочередно сняли все священнические одежды и уничтожили тонзуру на голове, произнося при этом соответствующие проклятия. Сам Я. Гус во время этого обряда молился за своих врагов и лжесвидетелей и выражал готовность претерпеть все поношения. По окончании церемонии на голову его надели высокий остроконечный бумажный колпак с изображениями чертей, терзающих грешную душу; потом по приказу императора его передали городскому магистрату для немедленного сожжения.