Р. Бэкон пытался оправдаться, что не занимается в башне ничем предосудительным: он только проводит опыты и занимается алхимией, но ведь это не богопротивное дело. Однако Д. Ф. Бонавентура ничего не хотел слушать и был тверд в своем решении: монаха следует наказать. В 1257 году Р. Бэкона вызвали в Париж, и он обрадовался, думая, что на суде ему дадут возможность защищаться, а уж тогда он докажет свою правоту. Но его не собирались судить, ведь Орден был призван не судить, а исправлять прегрешения, и Р. Бэкона заточили в каморку — темную, как могила: пять шагов в длину и три в ширину. Низкий потолок над головой, под ногами — глиняный пол, холодно, тесно, темно. От утра до утра проходила вечность, а за стенами темницы вставало и заходило солнце, пели птицы, проплывали облака, на ночном небе появлялись созвездия. Шли дожди, потом снега, потом снова дожди… Р. Бэкон ощупывал свое лицо: больше становилось морщин на лбу, резче обозначились складки у губ, шершавела кожа… Из обители его не выпускали, но он чувствовал, что происходит в мире. Приезжали и уезжали инквизиторы, ветер доносил запах гари, и ему казалось, что он слышит вопли сжигаемых еретиков и чувствует страшный запах горелого человеческого мяса.
Покаяние длилось уже четыре года, а потом ему разрешили иметь книги, но под строгим надзором, и дали пергамент. И Р. Бэкон стал скупо, убористо исписывать листы, которые потом несли на проверку и выскабливали с них все, что находили сомнительным. Зато после этого Р. Бэкон мог давать их другим братьям В заточении он написал свои размышления о семи ступенях, ведущих к познанию истины, и несколько трактатов. «Похвала математике», «Перспектива», «О радуге», «О врачебных ошибках»… И хотя каждый лист пергамента был на счету, ему удавалось утаить наброски, которые он делал для своего будущего труда о всеобщей науке.
В заточении Р. Бэкон написал и свое главное сочинение — «Большой труд», а под ним крупными буквами приписал: «увещевание». Да, это будет именно увещевание — руководство, содержащее главные человеческие знания и указывающее путь к постепенному преобразованию всех основ. Справедливый папа Климент IV может очистить мир и церковь, нужно только знать пути к Истине, а их откроет наука. Основой основ в познании мира Р. Бэкон считал опыт:
Без опыта ничего нельзя познать с уверенностью. Опытная наука необходима исследователю, подобно тому, как корабельному плотнику необходимо знать искусство судовождения, чтобы построенные им корабли могли плавать, а оружейнику — владеть оружием, чтобы выкованные им мечи годились в дело и стрелы попадали в цель… Опыт позволяет отделить истинное от ложного во всех науках. От небрежения опытом проистекают чудовищные заблуждения…
В своем сочинении ученый-философ рассуждал также о математике и грамматике, географии и гидрографии; любопытны его суждения о музыке, климате Земли, медицине… Не случайно «Большой труд» Р. Бэкона называли энциклопедией того времени. Последняя часть «Большого труда» — «Моральная философия», где Р. Бэкон утверждал: «Во всем, что касается морали, христиане упали в сравнении с древними. Мы погрязаем в бездне пороков, и одна только милость Божья может нас спасти». Если папа своей властью поможет развитию наук, то многое будет достигнуто не только в изучении природы, но и в делах нравственности, ибо под благородным влиянием знаний люди переменяются к лучшему.
Пока переписчики переносили сочинения Р. Бэкона на вылощенный пергамент и срисовывали многочисленные чертежи, он написал «Малый труд», в котором разобрал ошибки в переводах Библии, рассказал об алхимических опытах, о происхождении вещей из элементов и многом другом. А потом еще создал и «Третий труд», в котором изложил краткое содержание двух первых — на тот случай, если папа Климент IV не сможет сразу прочесть все. Свои сочинения Р. Бэкон отправил в Рим и стал ждать ответа и избавления.
Утвердясь на престоле, папа смог наконец-то вступиться за ученого, повелел освободить его и впредь ни в чем не притеснять. Р. Бэкон решил вернуться в Англию, но папа забыл прислать ему денег на дорогу, и весь путь 300 миль монах прошел пешком, питаясь подаянием и ночуя там, где застанет ночь: в городах, на сельских подворьях, в крестьянских хижинах, а то и просто в лесу… В 1267 году брат Роджер вернулся в Англию, добрался до Оксфорда и направился в монастырь. Он шел по узким улочкам, радуясь встрече с городом, где провел лучшую часть своей жизни. Никто не обращал на него внимания — мало ли монахов бродит по Оксфорду! А имя Р. Бэкона, некогда возмутившего спокойствие горожан, за 10 лет его отсутствия стерлось из их памяти.