Наконец Т. Кампанеллу повели на допрос, где потребовали, чтобы он признал свою вину сам. Но молодой мыслитель не знал за собой никакой вины, как и причины, по которой его заточили в тюрьму. И тогда его спросили, каким образом он в свои годы знает то, чему его не учили и учить не могли. На это Т. Кампанелла ответил: „Я сам с молодых лет чувствовал тягу к наукам и стремился узнать как можно больше. Если мне чего-нибудь не могли объяснить учителя, старался найти ответ сам“.
В тюрьме Неаполя ученый провел почти год. Днем в камере было нестерпимо душно, ночью — сыро; у него заболели суставы, от плохой пищи начали расшатываться зубы. Не один раз его мучили приступы лихорадки, но врача и лекарств узникам не полагалось. Иногда, правда, ему давали бумагу, и Т. Кампанелла писал, стараясь выражаться как можно осторожнее и туманнее, чтобы его не обвинили в ереси. На этот раз дело для молодого монаха закончилось более или менее благополучно: после освобождения ему предписывалось покинуть Неаполь и жить у себя на родине в одной из самых отдаленных обителей. Но Т. Кампанелла решил сначала отправиться в Рим, потом появляется то в одном, то в другом городе Италии, а в 1593 году он оказался во Флоренции, где правительство тосканского герцога предложило ему преподавать в университете. Однако по пятам Т. Кампанеллы шли иезуиты, и их нашептывания испортили ему репутацию. Из Флоренции ученый направился в Венецию, потом в Падую, где поселился в монастыре Святого Августина. Здесь он по памяти восстановил свои сочинения, которые у него еще в Болонье отобрал и отправил в инквизицию настоятель доминиканского монастыря.
Изучив рукописи Т. Кампанеллы, инквизиция организовала два процесса против вольнодумца. На этот раз он подвергся следствию вместе с известным медиком того времени Д. Кларио и неким О. Лонго. Т. Кампанеллу обвинили в оскорблении генерала Ордена иезуитов, в авторстве сочинения „О трех обманщиках“ и еще в том, что он не донес на еретика, отрицавшего Иисуса Христа как Спасителя. А он и не подозревал, что вся его жизнь занесена на бумагу: случайные слова, встречи с людьми, потерянные записки — все теперь превратилось в улики. К тому же недруги сочинили на Т. Кампанеллу донос, в котором приписали ему сочинение сатирического стихотворения, направленного против Иисуса Христа, и указывали приверженность его к учению древнегреческого философа Демокрита.
Т. Кампанеллу, которому было тогда 25 лет, и его товарищей по заключению перевезли в Рим, где поместили в одиночные камеры замка Святого Ангела. Римские судьи оказались хитрее своих коллег из Падуи и каждый раз меняли тему допросов. Иногда узника выпускали в тюремный двор, окруженный высокими мрачными стенами, и ничего, кроме их каменной кладки, отсюда не было видно. Зато какое счастье было созерцать синеву неба и глядеть на ласточек, пролетающих над тюремным двором, и на пробивающиеся между каменными плитами травинки. Т. Кампанелла верил, что когда-нибудь он уйдет отсюда, и такой день настал. Его выпустили из замка, но запретили покидать Рим: жить ему надлежало в монастыре Святой Сабины, не выходя за его пределы, так как следствие по делу будет продолжено.
Почти полтора года провел ученый в монастыре, а потом его снова вызвали в трибунал и огласили приговор: он объявлялся заподозренным в ереси и должен был отречься от нее, а иначе — новый процесс. И, сжав зубы, Т. Кампанелла вынужден был отречься, ибо упорствовать было безумием. После освобождения он вновь приступил к своим ученым занятиям: пишет философские, политические и даже военные трактаты. Но Рим был опасным местом для вольнодумца, и в 1597 году Т. Кампанелла переехал в Неаполь, потом появился в Никостро и наконец в своем родном городе Стило. Казалось бы, круг завершился: отсюда 15 лет назад он ушел на поиски знаний, познал всю премудрость, разбил своих противников, приобрел известность, любовь друзей и ненависть врагов, создал много произведений… И, как ему казалось, решил главные вопросы философии и политики, открыв человечеству путь к единству и миру. Но кипучая натура Т. Кампанеллы не могла смириться с покоем, он не расстается с идеей преобразования государственного строя, к тому же и положение небесных светил будто бы благоприятствует мировому перевороту. А Калабрия была самым подходящим местом для его совершения. Завоеватели-испанцы свирепствуют: невыносимые подати угнетают народ, по малейшему подозрению в ереси людей сажают в тюрьму, всякое проявление недовольства влечет за собой конфискацию имущества, а порой и казнь. Налогами обложено все: сушеный виноград, вино, дрова, хворост, соль, фрукты и т. д. Разоренные крестьяне толпами отправляются в Неаполь, где просят милостыню и часто умирают от голода на городских улицах, в горах Калабрии полно беглецов… Нет, торжество разума невозможно, пока не будет сброшена эта темная сила, путь к солнцу лежит через восстание. И вопреки своей теории об объединении мира, Т. Кампанелла призывает к свержению испанских властей.