Танталовы муки спутников Менданьи начались сразу же по прибытии на эти острова. Вождь Билебенара, с которым испанцы на первых порах установили контакт, скрылся, видимо, поняв, как трудно будет ему прокормить сто пятьдесят незваных гостей. Менданья послал Сармьенто на берег в поисках вождя. Сармьенто силой захватил дядю Билебенары (сам вождь от него сбежал), перебил по пути немало островитян и возвратился к кораблям. Итоги этого набега огорчили Менданью, он понимал, что пальбой из аркебузов и захватом заложников нельзя наладить мирные и дружественные отношения с островитянами.
21 февраля он велел Сармьенто доставить „индейцам“ дядю вождя и возвратить взятые у них трофеи. С туземцами был заключен мир — довольно непрочный. Питаясь позеленевшими от плесени сухарями, матросы день и ночь трудились на песчаном берегу бухты. Здесь по приказу Менданьи строили небольшой корабль, на котором, как справедливо полагал командир экспедиции, без труда можно будет обследовать берега новооткрытых земель.
4 апреля „Сантьяго“ был спущен на воду. Ортега и путешественники направились на восток вдоль северного берега острова Санта-Исабель, дошли до его восточной оконечности, оттуда проследовали к югу и открыли большой остров, который назвали Гуадалканалом.
8 мая „Капитана“ и „Альмиранта“ покинули воды этого острова и отправились к Гуадалканалу. „Земля эта, — писал Сармьенто, — привлекательна с виду, довольно высока, густо населена, пищи тут вдоволь“. Это последнее соображение и побудило Менданью на некоторое время обосноваться на Гуадалканале.
К концу мая 1568 года из строя выбыло тридцать восемь человек. Тлетворное дыхание соленых мангровых болот отравляло людей, жестокая лихорадка трепала их день и ночь. Не без основания американцы называли Гуадалканал зеленым адом, а японцы окрестили этот райский на вид остров „западней дракона“.
На поиски более удобных земель вторично был послан „Сантьяго“. От северного берега Гуадалканала моряки пошли к острову Малаите, населенному воинственными „индейцами“, затем открыли также весьма негостеприимный остров Сан-Кристобаль. В начале июня „Сантьяго“ возвратился к месту стоянки кораблей у берегов Гуадалканала. 18 июня „Капитана“ и „Альмиранта“ покинули Пуэрто-де-ла-Крус — бухту, где корабли простояли сорок четыре дня. 1 июля оба судна отдали якорь в одной из гаваней на южном берегу острова Сан-Кристобаль. Высадившись у большого селения, изголодавшиеся моряки немедленно приступили к „заготовке“ съестных припасов, применяя при этом оружие. Островитяне стремглав бежали в лес, несколько человек были убиты в неравном бою с испанцами. В третий раз был послан на рекогносцировку „Сантьяго“. Разведчики дошли до „края земли“ — островков, лежащих к востоку от острова Сан-Кристобаль.
Таким образом, Менданья и его спутники открыли почти всю южную группу Соломоновых островов — острова Санта-Исабель, Малаиту, Гуадалканал и Сан-Кристобаль В этой группе остался неоткрытым только небольшой остров Реннел к юго-западу от Сан-Кристобаля.
В августе в лагере началось брожение. Менданья не желал возвращаться в Кальяо, и у него нашлись сторонники, правда, немногочисленные. Он предложил немедленно направиться дальше на поиски земли, где можно было обосноваться. В случае если бы не удалось найти такую землю на дистанции 150 лиг, следовало возвратиться к берегам Гуадалканала и заложить там поселение.
Это предложение было отвергнуто. Все согласились с тем, что надлежит как можно скорее покинуть Сан-Кристобаль и взять обратный курс. Гальего полагал, что следует пересечь экватор, подняться до 15–20° северной широты и затем маршрутом Урданеты проследовать к берегам Калифорнии.
11 августа корабли покинули гавань. Начался самый тяжкий этап путешествия — многомесячный обратный переход через Южное море. 6 сентября корабли пересекли экватор и вступили в воды северного полушария. Спустя одиннадцать дней был открыт небольшой атолл в группе Маршалловых островов (по всей вероятности, атолл Наму). Изголодавшиеся моряки бросились к селению (жители его предусмотрительно бежали прочь), но поживились здесь лишь гнилыми плодами пандануса. В качестве живого трофея захвачен был тощий петух. Любопытно, что на этом забытом Богом островке найдено было ржавое железное долото Очевидно, незадолго до экспедиции Менданьи здесь побывали какие-то испанские мореплаватели.