Екатерину II особенно беспокоил вопрос, не имел ли автор "сообщников к произведению намерений, в сей книге изображенных". Чтобы сильнее покарать дерзкого писателя, императрица поручила вести следствие С. И. Шешковскому — одному из самых страшных мастеров сыскного дела, известному своей свирепостью. Карьера его началась с успехов, достигнутых им "допросами с пристрастием". Он "питал пристрастие к батогам, плетям и розгам", и во время допросов одно из его излюбленных средств было таким: хватит допрашиваемого палкой под самым подбородком так, что у того зубы трещат, а иногда и выскакивают… Как уж тут не признаться? К концу 1780-х годов С. И. Шешковский был полным хозяином политического сыска в России, и А. С. Пушкин назвал его "домашним палачом Екатерины II". За долгие годы службы волю императрицы С. И. Шешковский научился чуять, как собака, и очень гордился этим. Под портретом Екатерины II, который висел у него в кабинете, велел написать: "Сей портрет Величества есть вклад верного ее пса Степана Шешковского".
Узнав о том, что ему предстоит встреча с таким следователем, А. Н. Радищев упал в обморок. Впрочем, можно сказать, что следствием по делу писателя руководила сама Екатерина II, поэтому оно велось необычайно быстро — всего шесть дней (с 6 по 11 июля 1790 года). Для допросов была установлена определенная система: сначала А. Н. Радищев давал показания устно, потом ему вручались "вопросные пункты", сформулированные самой императрицей, на которые узник должен был давать письменные ответы. С. И. Шешковский вызывал арестанта на допросы в самое разное время, а когда сам уходил спать, заставлял А. Н. Радищева под наблюдением дежурного офицера писать бесконечные дополнения к ранее написанному.
Никто из близких не знал, где именно его заточили, так как в то время в крепости было два места, где содержали узников, — Иоанновский и Алексеевский равелины. А. Н. Радищев находился на положении "секретного арестанта": никто не знал причины его заточения — ни доставивший его подполковник, ни комендант крепости, ни тем более стража. Вся власть над узником принадлежала СИ. Шешковскому, который к допросу А. Н. Радищева приступил сразу же.
Судебное разбирательство велось при закрытых дверях. Крамольное "Путешествие" читали вслух, и в это время даже канцелярские служащие в зал не допускались. Во время следствия узник уклонялся от прямых ответов на главные вопросы императрицы Например, Екатерина II настойчиво допытывалась, зачем он написал свою книгу — не с целью ли сделать "возмущение"? На это А. Н. Радищев отвечал, что никогда не имел подобного намерения, Францию в пример не брал, а о царях писал только о тех, которые в истории известны своими дурными поступками. Что же касается помещиков, то между ними тоже есть "уроды., которые, отступая от правил честности и благонравия, делают иногда предосудительные деяния… Сим своим писанием думал дурного сорта людей от таких гнусных поступков отвратить".
На многие вопросы А. Н. Радищев вообще давал туманные ответы, но С. И. Шешковский излюбленных мер своих к нему во время допроса не применял. Родственники писателя "ежедневно посылали гостинцы" следователю, благодаря чему узник и не подвергся пытке. Но все время следствия и суда писатель испытывал тяжелейшие переживания — и от допросов С. И. Шешковского, и от одиночного заключения, так как было предписано "никого к нему не допускать". Под влиянием горьких раздумий о неизбежности смертной казни он составил завещание. И действительно Уголовная палата, Сенат и Государственный совет вынесли А. Н. Радищеву смертный приговор, но императрица заменила его ссылкой в Сибирь на 10 лет. Писателя заковали в кандалы и отправили за 7000 верст от Санкт-Петербурга — в далекий Илимский острог. Только после смерти Екатерины II вступивший на престол император Павел I разрешил ему вернуться из изгнания.
Узники "нумерной" казармы
С самого основания Шлиссельбургской крепости ее заботливо и последовательно старались превратить в тюремную могилу. Но сначала тюремных зданий в ней не было, и для заключения узников стали использовать постройки другого назначения — деревянные дома А. Д. Меншикова и "Государев двор" Петра I, а также солдатскую (или "нумерную") казарму.
Двухэтажная казарма занимала площадь в 170 кв. метров у северной крепостной стены — между Государевой и Светличной башнями. Снаружи к ней примыкала галерея с открытой аркадой (высотой около 6 м), а перед ней протекал широкий канал, который начинался ото рва цитадели и уходил в Неву. Здание "нумерной" казармы состояло из двенадцати жилых помещений и пяти сеней, расположенных в ряд. Узниками казармы в разное время были князья М.В. и В. Л. Долгорукие, Д. М. Голицын, курляндский герцог Э. И. Бирон, несчастный император Иоанн Антонович и многие другие. В 1791 году сюда заточили чеченского шейха Мансура — предводителя восстания середины 1780-х годов на Северном Кавказе. Родился он в семье бедного крестьянина, но уже с юношеских лет завоевал авторитет и уважение горцев своим нравственным поведением и глубокой набожностью. Крестьяне из разных селений приходили послушать его поучения и наставления, в которых он осуждал пьянство, воровство, разбой и другие пороки и призывал правоверных исполнять заповеди Корана.