Маркиза де Сад организовала мужу побег, но иллюзии по поводу его возвращения в лоно семьи вскоре развеялись. Маркиз долго скитался, меняя города и жилища, чтобы сбить преследователей со следа, но это вовсе не означало, что он утихомирился и стал вести порядочный образ жизни. Слухи о его сексуальных бесчинствах доходили до Франции, где президентша Монтрель тем временем заручилась тайным королевским указом на арест зятя. Как только маркиз оказался на родной земле, он тут же был арестован, и в 1777 году за ним надолго закрылись тюремные ворота Венсена.
В тюрьму узников доставляли обычно по ночам, чтобы не привлекать внимания. В камере помещались кровать, два соломенных (или деревянных) стула, грязный засаленный стол, на котором стояла кружка. Перед помещением в камеру заключенного обыскивали, отбирали драгоценные вещи и все, что могло послужить орудием для самоубийства. В Венсене, как и в других тюрьмах Франции, питание заключенных давало простор для всякого рода злоупотреблений: кислое вино, тухлая говядина, гнилые овощи и по четвергам — пироги, почти всегда непропеченные. Наказанных карцером вообще лишали пищи, и потому комендант отправлял туда своих подопечных по малейшему поводу. Говорили, что комендант кормит заключенных только потому, что их смерть ему невыгодна.
Как только де Сад попал в тюрьму, он стал жаловаться, и без перерыва жаловался много лет. Он надеялся, что его вскоре освободят, и жена своими письмами поддерживала эту надежду. Но результаты дела оказались далеко не теми, на которые рассчитывали маркиз и его супруга. Тогда де Сад бежал и укрылся в своем замке Лакост. Однако он не мог сдерживать себя даже в мелочах и потому прятался так неосторожно, что полиция Прованса вскоре узнала о его местопребывании. В апреле 1779 года маркиза вновь водворили в Венсен.
Родные стали хлопотать о его освобождении, но безуспешно, и ярость де Сада приобрела признаки душевной болезни. Заключенный большую часть времени проводил в писании писем и чтении, и камера его представляла собой целую библиотеку. Тут были и легкие романы, и театральные пьесы, и описания путешествий, и трактаты о нравственности, и историко-философские труды. Считая себя жертвой монархической власти, де Сад интересовался также правовыми науками.
В последний день февраля 1784 года де Сада перевели в Бастилию и поместили в камеру, которая находилась на втором этаже башни, по иронии судьбы называвшейся "Свобода". Строгость тюремных правил, видимо, по ходатайству семьи, для него была несколько смягчена. После многочисленных просьб маркизу разрешили проводить по утрам один час на крыше; через полтора месяца пребывания в тюрьме ему дозволили пользоваться за завтраком и обедом ножом, который он потом должен был отдавать тюремщику. От малоподвижности маркиз растолстел, стал страдать глазами… Тяжелее всего ему было подчиняться стражникам, которые были для него воплощением "торжествующей глупости". Заключение повлияло и на умственные способности де Сада. Постоянное возбуждение, в котором он находился, быстро вело его к сумасшествию, которое началось еще в Венсене. С маниакальной страстью маркиз стал предаваться мистическим вычислениям и комбинациям, по складам читал все письма, которые ему приходили, и в количестве букв и слогов старался отыскать тайну своего будущего.
В июле 1789 года парижане готовились к штурму Бастилии. Маркиз де Сад из окна своей камеры криками подбадривал их и призывал к более активным действиям. Его срочно перевели в Шаратон — приют для душевнобольных, куда помещали и "государственных сумасшедших", которым приписывали умственное расстройство только за то, что они своим поведением беспокоили власти. Но маркиз де Сад первое время был даже доволен своим пребыванием в больнице, надеясь, что пробудет здесь недолго.
Новые власти отменили королевские указы, и в неразберихе того времени де Сад действительно вскоре вышел из Шаратона раздраженным и ожесточенным вольнолюбием: старый режим покарал его, и он объявил себя врагом его. Однако он и здесь остался верен себе: с увлечением кинувшись в водоворот революции, он в одном из своих трактатов, например, с политической точки зрения давал обоснование… кровосмешению: "Опасен ли инцест? Без всякого сомнения, нет; он расширяет семейные связи и, следовательно, делает любовь граждан к родине более активной".
Маркиз не скрывал своего презрения к якобинцам, но был за конституцию, которая охраняла бы права: "Я желаю, чтобы дворянству был возвращен его блеск, ибо утрата этого блеска ничего хорошего не даст. Я желаю, чтобы во главе нации стоял король". Поэтому нет ничего удивительного, что он снова угодил за решетку. Имя де Сада попало в список претендентов на гильотину, но его переводили из тюрьмы в тюрьму, и он избежал столь страшной участи. Потом произошел термидорианский переворот, и де Сад снова оказался на свободе. Однако в августе 1800 года полиция конфисковала за порнографию его роман "Преуспеяние порока", но это не стало для маркиза предостережением: следующей весной его вновь арестовали, обвинив в сочинительстве безнравственных произведений. После пребывания в нескольких тюрьмах в конце апреля 1803 года де Сад снова оказался в Шаратоне — будто бы за пасквиль, направленный против Жозефины Богарне (первой жены Наполеона Бонапарта) и ее подруг.