Мировоззрение X. Рисаля, как борца за национальное возрождение своей страны, сложилось во второй половине XIX века. В 1879 году, когда ему было всего 18 лет, он написал оду "К филиппинской молодежи", которая была с восторгом встречена прогрессивной филиппинской интеллигенцией. Популярность X. Рисаля стала быстро расти. Сам он считал, что избавить народ от нищеты и бесправия можно только с помощью просвещения и демократических преобразований, причем не порывая с Испанией. Наиболее отчетлива эта идея была выражена им в знаменитых романах "Не прикасайся ко мне" и "Мятеж". Оба произведения были направлены против испанского владычества и монашеских орденов, которые приносили его родине только бедствия. X. Рисаль не щадил в своих романах и недостатки филиппинского народа, с ненавистью бичуя разбогатевших местных откупщиков, ненасытных ростовщиков и продавшихся колонизаторам выскочек.
Филиппинцы хотели видеть X. Рисаля во главе своей революционной борьбы, да и сам он горел желанием окунуться в практическую работу. Он созывает первый митинг, на котором призывает всех к единению, горячо говорит о патриотизме и политической независимости родины. В 1892 году X. Рисаль создает "Филиппинскую Лигу", учредителями которой были 18 человек: половина их были видными членами масонских организаций, остальные принадлежали к различным кругам буржуазной интеллигенции Филиппин. Однако были в этой организации и представители мелкой разночинной интеллигенции, а также народных низов. Всех их связывало общее стремление к национальной независимости Филиппин, хотя они и по-разному представляли пути к достижению этой цели.
Охваченный небывалым подъемом и окрыленный первыми успехами, X. Рисаль едет в провинциальные центры, чтобы привлечь в свою организацию новых членов. Но вскоре его вызвали к генерал-губернатору Деспухолу, который обрушился на поэта с громовыми обвинениями, размахивая брошюрой "Бедные братья", якобы найденной в чемодане его сестры. Под усиленным конвоем X. Рисаля отправили в старинный форт Манилы и заключили в одиночную камеру, за которой установили неусыпный надзор. Поэта стерегли как опасного государственного преступника, не допуская никаких сношений его с внешним миром. Однако заключение X. Рисаля в одиночной камере длилось недолго. Вскоре его без следствия и суда отправили на пароходе "Себу" в Дапитан — отдаленный городок, располагавшийся на северо-восточном побережье острова Минданао (в "языческом" районе Филиппин). X. Рисалю отвели помещение в доме командира небольшого военного отряда, стоявшего на острове, но во время своего изгнания поэт пользовался относительной свободой. За четыре года ссылки он не написал ни одного крупного произведения и все свое время посвятил этнографическим исследованиям: изучал обычаи и самобытную культуру местного народа, обучал население грамоте и лечил его… Свои личные потребности X. Рисаль ограничил до минимума, а весь свой медицинский гонорар отдавал на нужды Дапитана: на средства поэта в городке были проведены водопровод и уличное освещение.
Несмотря на строгий контроль за перепиской и посетителями, до X. Рисаля доходили слухи о готовящемся в народе взрыве, неизбежность которого он уже давно предчувствовал. В "Филиппинской Лиге" после его ссылки отчетливо наметились два лагеря: буржуазных членов организации охватили страх и растерянность, реформаторы колебались и старались ограничить все действия сбором средств на нужды своего союза и на издание газеты. Противоречия возрастали день ото дня, и в 1893 году "Филиппинская Лига" была распущена, а вместо нее создана организация широких народных масс "Катипунан". X. Рисаль, изолированный в Дипутане, тем не менее, продолжал владеть умами соотечественников. Но в начале ноября 1896 года тяжелые решетки форта Сантьяго закрылись за ним во второй раз.
Под строжайшей охраной X. Рисаля препроводили в ту самую камеру, где он находился в 1892 году. Связь поэта с внешним миром была полностью прервана, на первых порах даже родственникам не разрешали видеться с ним. Однако колониальные власти понимали, что перед лицом всего мира X. Рисаля нельзя казнить без суда и улик — все равно каких, пусть даже и вымышленных. Правительственные агенты пытались выудить у знакомых поэта признания, что тот является членом "Катипунана" и участвовал в подготовке восстания. Долгие дни подвергался изощренным пыткам Пасьяно — брат X. Рисаля. Пальцы его левой руки зажимали в тиски, а в правую руку вкладывали перо, чтобы он подписал лжесвидетельство. Несколько раз Пасьяно терял сознание от нечеловеческой боли, но палачи не смогли вырвать у него ни одного признания и выпустили его только после того, как довели почти до полного сумасшествия. Другие филиппинские патриоты тоже мужественно перенесли все допросы и пытки, так что даже испытанным следователям ничего не удалось добиться от них. Не получив ни одной улики, которая бы доказывала участие X. Рисаля в подготовке восстания, колониальные власти обвинили поэта в создании "Филиппинской Лиги", которая якобы явилась прототипом "Катипунана". Искусно подобрав цитаты из его произведений, враги быстро подготовили обвинительный акт и передали поэта военно-полевому суду. С самого начала следователи и судьи были уверены в виновности X. Рисаля, поэтому исход дела был предрешен заранее.