В тревожном ожидании поэт провел 17 томительных дней, потом его вызвали на первый допрос, где сообщили о предъявляемых ему обвинениях: создании незаконной организации "Филиппинская Лига" и ряде уголовно наказуемых деяний, которые привели к мятежу. Главный следователь Ф. Оливе был доволен: у него есть почти 30 доказательств "вины" X. Рисаля — письма, документы, стихи "подрывного" содержания и показания лжесвидетелей. Его не смущает, что некоторые стихи принадлежат не X. Рисалю, главное — в них присутствует "мятежный дух", а в литературные тонкости он вдаваться не намерен. Так что поэту не спастись: следствие ведут военные, судить поэта будет военный суд, обвинитель тоже будет военным, а для них неважно, виновен поэт или нет.
В качестве защитника X. Рисаль мог выбрать только кого-нибудь из предложенных ему по списку испанских офицеров, и он выбрал лейтенанта Луиса Тавиеля де Андраде. Как все испанцы, тот готов был на все, чтобы сломить сопротивление повстанцев. Но он был человек добросовестный, внимательно прочитал "дело Рисаля" и обнаружил, что представленные документы не доказывают "вину" поэта. Адвокат искренне хотел вырвать X. Рисаля из рук палачей или хотя бы добиться смягчения приговора. Он просил судей быть справедливыми и выслушать поэта, но красноречивое выступление защитника судьям показалось неубедительным. Инсценировка суда тянулась несколько дней, чтобы перед лицом мирового общественного мнения можно было "юридически" оформить расправу над национальным поэтом Филиппин.
Подошли рождественские праздники, и процесс был прерван, но уже 29 декабря судьи признали X. Рисаля виновным и приговорили к расстрелу. Как только весть о приговоре облетела Манилу, власти приняли все меры предосторожности, так как ожидали, что семья X. Рисаля спровоцирует беспорядки, чтобы не допустить приведения приговора в исполнение. Но дон Франсиско был уже совсем дряхлым, брат Пасьяно едва оправился от перенесенных пыток, и только донья Тереза отправилась с прошением во дворец губернатора, но ее там не приняли.
А в это время в верхах католической миссии в Маниле развернулась бурная деятельность. Церковники прекрасно понимали, что вскоре к славе X. Рисаля как национального героя добавится и ореол мученика. Ах, если бы он отрекся от своих "заблуждений"! Тогда церковь получила бы неоспоримый козырь, и чтобы добиться этого, архиепископ Носаледа поручил монахам-иезуитам заставить X. Рисаля отказаться от своих взглядов. И те принялись за дело. Семь монахов, сменяя друг друга, обрабатывали поэта, но все их усилия были напрасны.
Один день оставалось провести X. Рисалю в камере, и при свете небольшой керосиновой лампы он написал последнее "прости" родине и друзьям. Он знал, что после казни все его бумаги будут захвачены властями; при последнем прощании ему не дали даже прикоснуться к руке матери из опасения, что она передаст сыну яд и тот избежит уготованного ему приговора. Но узнику очень хотелось, чтобы его последние слова дошли до народа, и он спрятал стихи в лампу, которую при прощании отдал сестре.
И вот наступил роковой день. Над Манилой вставало прозрачное декабрьское утро, в хрустальном воздухе рисовались далекие горы и конус вулкана Коррехидор. С рассветом потекли к месту казни толпы филиппинцев, с суровыми лицами и стиснутыми зубами, чтобы в последний раз взглянуть на своего национального героя.
За X. Рисалем пришли в 7 часов утра. Ему крепко связали руки за спиной, локоть к локтю, и окруженного двойным кольцом стражи вывели из тюрьмы. Выстраивается процессия: впереди идут трубач и барабанщик, потом — X. Рисаль с двумя монахами по бокам, за ними — адвокат, который должен был сопровождать своего подзащитного до места казни. Начальник охраны отдает команду, и процессия трогается в путь….
X. Рисаль принял смерть с гордо поднятой головой и открытыми глазами, устремленными в небо. После его смерти враги стали распространять многочисленные версии, что за несколько часов до казни поэт не только причастился — что вполне возможно! — но и письменно отрекся от "ереси", примирившись с церковью. Только вот представить текст этого отречения они не могли. Оно как будто "случайно" было найдено только в 1935 году, но вокруг него до сих пор кипят страсти. Те, кто не верит в подлинность отречения, доказывают подложность текста как материальными свидетельствами, так и тем, что не мог поэт перед смертью перечеркнуть все им сделанное. Другие же, напротив, утверждают, что перед лицом смерти с человеком может произойти всякое. Однако если бы X. Рисаль отрекся, то ему не отказали бы в христианском погребении, а между тем он похоронен без гроба, на запущенном кладбище, и в кладбищенской книге имя его значилось среди тех, кто умер без покаяния.