Монастырские тюрьмы находились вне всякого контроля со стороны судебных и правительственных органов. Общеизвестен факт, что в Средние века вообще все монастырские тюрьмы относились исключительно к церковной юрисдикции, и если подсудимый не признавал свою вину, то отцы инквизиции видели в этом только его упорство в ереси. Если инквизиторы считали, что все средства словесного убеждения исчерпаны, а подсудимый все не сознается, его подвергали страшным пыткам, выдержать которые могли немногие. Например, жертву клали на стол или на скамью, утыканную острыми гвоздями, нос и рот ему затыкали тряпкой и медленно лили на нее воду. Несчастный задыхался, испытывая в то же время ужасные мучения от острых гвоздей. В другой раз ноги жертвы заковывали, смазывали жиром и начинали пытать огнем: кожа лопалась, обнаженные кости обугливались, причиняя человеку страшную боль… Оправдываться подсудимый вообще не мог, все его уверения заведомо считались ложными, к показаниям приглашенных им свидетелей относились с предубеждением, к тому же родственники и прислуга давать показаний в его пользу не могли, а вот их показания против подсудимого имели огромное значение. И несчастному оставалось только раскаиваться или упорствовать дальше… Но даже и раскаяние под пыткой для еретика — в лучшем случае! — оборачивалось длительным заключением, а чаще всего пожизненным.
В средневековых тюрьмах существовала строгая градация. Например, „теснейшие тюрьмы“ (одиночные) обычно располагались в самых подземных темницах, и узники содержались здесь на „хлебе печали“ и „воде скорби“. Свое происхождение такая тюрьма ведет от бенедиктинского монаха Мобильона, но впервые такую тюрьму построил римский папа Климент IX, разместив ее в доме Святого Михаила в Риме. Предназначалась она для несовершеннолетних преступников, труд которых нещадно эксплуатировался. Взрослые же арестанты должны были работать в общих камерах, молча, а за нарушение их подвергали строгому наказанию. На ночь и взрослых преступников разъединяли…
По сообщению русского криминалиста И. Я. Фойницкого, некто Дефорж был брошен в камеру площадью в 8 квадратных аршин, куда дневной свет проникал лишь через темное отверстие в церковном полу. В камере под церковью узник пробыл три года, а когда его освобождали, то были приняты все меры, чтобы от быстрого перехода к свету он не потерял зрение.
В России всякий узник, направлявшийся в „тесное заточение“ монастыря, сопровождался инструкцией, в которой указывалось, как его содержать, как охранять и т. д. Почти каждый из доставляемых в монастырскую тюрьму арестантов предварительно подвергался жесточайшему наказанию, о чем тоже говорилось в церковных актах. Например, „бить кнутом нещадно и, вырезав ноздри… скована в ручных и ножных кандалах содержать в особом уединенном месте под крепким караулом“. Самых опасных преступников, которых предписывалось держать „до смерти неисходно“ в особо уединенном месте, сажали в „каменные мешки“. Их устраивали в стенах верхних этажей крепостных башен, и представляли они собой каменное помещение длиной около полутора метров, шириной чуть более метра и высотой три метра. У одной из стен выкладывалась каменная лавочка шириной около одного метра; маленькое окошечко „каменного мешка“ было такой ширины, чтобы в него можно было только просунуть руку с едой. В таком месте невозможно было лечь, и несчастный узник годами сидел в полусогнутом положении.
В одном из казематов Николо-Корельского монастыря был замурован новгородский епископ Феодосии Яновский — соперник и враг Феофана Прокоповича. Он был брошен на хлеб и воду в тюремную „келью“, находившуюся под церковью, „за дерзость“ против императрицы Екатерины I и „за бранные слова на дворцовый караул“. „Келья“ его была запечатана губернаторской печатью с предписанием „содержать Яновского накрепко, а придет смерть — похоронить в том же монастыре“. В тюрьме Ф. Яновский провел чуть более семи месяцев, а потом было приказано перевести узника из запечатанного каземата в другую келью. Но заключенный был уже так плох, что не мог ходить, и его несли на руках.
Но самыми ужасными были „земляные тюрьмы“, которые обычно устраивались под башнями. Они представляли собой вырытую в земле яму глубиной около 2,5 метра. Края ее облицовывались кирпичом или просто плитняком; иногда в нее вставлялся сруб, а для спанья узнику постилали солому. Крыша „земляной тюрьмы“ состояла из досок, покрытых тонким слоем земли или дёрна; в крыше имелось отверстие, в которое можно было подать и опустить узника и подать ему еду. Отверстие это запиралось на замок, ключ от которого хранился у монахов. В таких „погребах“ разводилось множество крыс и паразитов, и часто заключённых вынимали оттуда с отъеденными пятками, носом или ушами, о чем тоже свидетельствуют монастырские акты. Давать же узнику что-либо для своей защиты строго запрещалось под угрозой самому оказаться в „земляной тюрьме“. В монастырях, кроме колокольного звона, часто раздавалось бряцание оружия и лязг кандалов; кроме божественного пения, слышались свист кнута, стоны и проклятия заключенных… За годы долгого заключения в „земляной тюрьме“ люди теряли рассудок, а чтобы они не кричали и не протестовали, им нередко отрезали языки.