Пребывати же ему внутри монастыря с великою крепостию и множайшим хранением; заключену же ему быти в некоей келье молчательной, да яко тамо душевредный и богохульный недуг его от него ни на единого же не распространится; и да не беседует ни с кем — ни с церковными, ни с простыми того монастыря или иного монастыря.
Ежели через заповедание и запрещение наше к нему дерзнут или послание посылати, или беседовати, или учити, или инако како приобщатися, или явне, или тайне, такое убо еси.
Но несмотря на крепчайший надзор со стороны монастырского начальства, игумен Артемий так сумел повлиять на своего сторожа, что тот помог ему бежать. Узник пробрался в Литву, где, по сообщению князя A. M. Курбского, был ярым защитником православия, о чем и написал несколько книг.
В числе членов церковного собора, осудивших игумена Артемия, был и протопоп Благовещенской церкви Сильвестр[20] [Предполагается, что Сильвестр был автором „Домостроя“ — произведения русской литературы XVI века, которое представляло собой свод житейских правил и наставлений. Защищал принципы патриархального быта, в том числе и беспрекословное повиновение главе семьи], которому вскоре пришлось самому испытать опалу. В 1560 году он попал в немилость к Ивану Грозному и был сослан в Соловецкий монастырь. Письменных свидетельств о его заключении не имеется, но ученые предполагают, что строгость заточения со временем была для него смягчена, так как настоятель монастыря — игумен Филипп — был его хорошим знакомым.
В 1605 году на Соловки доставили Симеона Бекбулатовича — бывшего владыку Касимовского царства Саин-Булата, которое выделялось московскими князьями татарским „царям и царевичам“, переходившим на русскую службу. Он изъявил желание принять православную веру и был крещен в присутствии Ивана Грозного. Такой поступок не остался без награды: царь дал ему титул „великий князь всея Руси“, а в 1576 году он получил в удел Тверь. При царе Федоре Иоанновиче этот номинальный правитель всего Русского государства по проискам Бориса Годунова был лишен великого титула, ослеплен и сослан в Кушалинскую волость Тверской губернии. При самозванце Симеон Бекбулатович оказался в Москве, ратовал против Лжедмитрия, укорял его в принятии латинских обрядов и призывал русский народ крепко держаться православия. За это он был сослан на Соловки и насильственно пострижен в монахи под именем Степана. В период междуцарствия он писал князю Д. Пожарскому и другим боярам, прося освободить его от заточения. И просьбу его уважили: он был отправлен в Кирилловский монастырь, где „покоили его по монастырскому чину, как прочую братию“.
В 1612 году на „самое тяжкое тюремное заключение“ в Соловецкий монастырь был отправлен Петр Отяев — атаман разбойничьей шайки. В Смутное время он рыскал со своими удальцами по Московскому государству и разорял монастыри и храмы, держа в страхе беззащитный деревенский люд.
В 1652 году по повелению новгородского митрополита Никона (будущего патриарха) был вызван с Соловков старец Арсений — человек ученый и образованный — для исправления богослужебных книг. А потом он снова был отправлен в Соловецкий монастырь, но уже узником — по подозрению в неправославном образе мыслей. А набрался он этих мыслей будто бы в западных училищах и даже на время перешел в католичество, чтобы его допустили в эти училища.
Во второй половине XVII века на Соловки вообще ссылали многих людей, не признававших церковной реформы патриарха Никона и протестовавших против нее. Среди них был и князь Львов — начальник Московского печатного двора, однако в монастыре он больше занимался кутежами, чем боролся за старину. Увезли его с Соловков в 1666 году во время возмущения монахов, которые запротестовали сначала против церковной, а потом и государственной власти.
Усмирять монашествующую братию прислали воеводу Ивана Мещеринова, который обошелся с монахами, как варвар: все деревья вокруг монастыря были увешаны трупами. Войдя в монастырь победителем, он выгнал полуодетых черноризцев в январские морозы на море, и они там замерзли. В живых остались только немногие счастливцы, которые преподнесли суровому воеводе богатые дары, да он и сам стал брать себе монастырские сокровища.
В период возмущения монахов (1666–1667) ссыльных в Соловецкий монастырь не присылали, а потом вести о разграблении монастырского имущества дошли до Москвы, и из столицы для расследования дела прислали князя Волынского. Донос подтвердился, и воевода И. Мещеринов стал первым после восстания сосланным на Соловки. Однако на защиту его встал новгородский митрополит Варсонофий, в ведении которого состоял тогда Соловецкий монастырь. Он часто слал грамоты соловецкому архимандриту, прося оказать снисхождение воеводе, и его стараниями в 1680 году И. Мещеринов был освобожден.