В 1691 году в Соловецкий монастырь по указу Петра I был прислан для „содержания в земляной тюрьме вор и бунтовщик“ Ивашка Салтыков. Один из караульщиков бросил ему палку, чтобы тот мог отбиваться от крыс, за что сам был нещадно бит плетьми. Через год „за великие непристойные слова, вместо смертной казни“ на такое содержание был отправлен на Соловецкие острова Мишка Амирев, „и велено держать его в земляной тюрьме вместе с самозванцем Ивашкой Салтыковым. И быть ему в том монастыре неисходно до кончины живота его, из монастыря никуда его не отпускать, ни в какую отхожую службу не посылать и смотреть накрепко, чтобы он всегда на виду жил во всяком послушании и братии никакого ропота не чинил, никаких неприятных слов не говорил“.
Через год М. Амирева постригли в монахи под именем Моисея, и он сумел так подольститься к монахам, что его назначили распорядителем монастырских работ. Однако пробыл он в этой должности недолго: у него нашли какие-то „ябеднические письма“, за что и отстранили от должности. И предупредили, что если он еще будет писать подобные послания, то его вновь посадят в тюрьму. Монах Моисей не стал дожидаться, когда угрозу приведут в исполнение, и в 1700 году „через воровскую стену“ ушел из монастыря. Несмотря на грозные повеления Петра I о розыске, его так и не нашли. В 1700 году по доносу одного певчего в Москве был арестован книгописец Григорий Талицкий. Под пыткой он признался, что составил письмо, в котором писал, что явился антихрист, и настали последние времена. Писал он и другие послания против Петра I, призывал народ не признавать его за царя и ратовал за призвание на царство Михаила Черкасского, от которого всем будет добро. Под пытками он показал также, что о приходе антихриста беседовал и с тамбовским епископом Игнатием, который и велел ему обо всем этом записать в книгу. Епископа схватили, жестоко пытали, потом расстригли и сослали в Соловецкий монастырь, где он и пробыл до самой смерти.
В том же году и по тому же делу на Соловки отправили и духовника Петра I — „распятского попа Ивана Иванова“. Но прислали его не в тюрьму, как епископа Игнатия, а просто повелели постричь в монахи. Постриженный под именем Иова, он своим подвижничеством и смирением приобрел доверие и уважение всей монашествующей братии и расположение самого настоятеля. Приехавший летом в монастырь Петр I уверился в его невиновности и звал вернуться в Москву на почетную должность. Но, испытав все треволнения мирской жизни, старец отказался от царского приглашения и пожелал остаться в обители. Но потом и общественная монастырская жизнь перестала удовлетворять его, и он с благословения настоятеля удалился в лес Анзерского острова. Здесь на горе, которую старец Иов назвал Голгофой, он основал уединенный скит, в котором жил до 1720 года. Своим ученикам он оставил очень строгий устав жизни в скиту.
В 1708 году на Соловки были присланы люди, участвовавшие в борьбе между В. Л. Кочубеем (генеральным судьей Левобережной Украины) и гетманом И. С. Мазепой, стремившимся к независимости Украины. Это были поп Иван Святайло с сыном Иваном и иеромонах Никанор из Севского Спасского монастыря. Именно им старый В. Л. Кочубей поручил рассказать об измене гетмана царю Петру, а к доносу приложил „Думу“, будто бы сочиненную старым гетманом. В этой „Думе“ выражены размышления о господствующей между украинцами розни и призыв добывать свои права саблею. Но И. С. Мазепа, пользовавшийся тогда доверием царя, сумел оправдаться, и посланников В. Л. Кочубея отправили в ссылку. Когда Петр I убедился в измене гетмана, невиновных освободили.
В 1722 году по повелению Петра I был прислан в Соловецкий монастырь расстриженный иеромонах этого же самого монастыря Иван Буяновский. За произнесение „непристойных слов“ (впрочем, из следственного дела не видно, в чем конкретно эта „непристойность“ заключалась) его приказано было посадить в земляную яму „навечно, держать под крепким караулом до конца жизни неисходно, пищу ему давать хлеб и воду умеренно, и никого к нему не допускать, и разговоров с кем бы то ни было не чинить“.
В „земляной тюрьме“ И. Буяновский пробыл более 10 лет, а потом его перевели в монастырскую Салтыкову тюрьму, которая находилась рядом с пекарней, и тепло от нее шло в каземат арестанта. Здесь он сидел с монахами-греками, которым посоветовал объявить „слово и дело“ и тем освободиться не только от тюрьмы, но и вообще от ссылки. Греческие монахи объявили „слово и дело“, после чего в соборной церкви собралось все монастырское начальство, которое стало спрашивать у них, о чем они знают, откуда узнали и не научил ли кто-нибудь… На допросах монахи во всем признались, и тогда был вызван И. Буяновский, который признался, что это он подговорил невинных греков. А государственная важность состояла в том, что один пришлый монах ободрал с иконы драгоценные камни и отдал их архимандриту, за что тот отпустил его. Заявил он и о том, что в монастыре скрываются беглые солдаты, но эти показания, как потом выяснилось, оказались ложными. Но было и третье заявление И. Буяновского. Когда на Дону была война с татарами, тогда враги взяли многих казаков в плен. А когда был заключен с татарами мир, то велено было пленных казаков отдать, но татары не захотели этого делать и будто бы дали П. М. Апраксину много денег, а пленных оставили у себя.