Войска Аурангзеба приблизились к Агре, и Шах-Джахан поспешил выслать навстречу сыну своего гонца, который сообщил, что отец просит его побыстрее прибыть в крепость, чтобы обсудить создавшееся положение и уладить беспорядки. Но Аурангзеб не очень доверял отцу, хотя и сделал вид, что принимает его приглашение; и даже объявил всем, что со дня на день отправится к отцу. Но наступал назначенный срок, и он откладывал свидание, продолжая в то же время вести свои тайные интриги. А когда все было готово для осуществления задуманного плана, Аурангзеб отправил к отцу своего старшего сына — Султан-Махмуда. Тот смело бросился на стоявшую у дверей стражу, а его люди ринулись внутрь и завладели крепостью.
Шах-Джахан увидел, что сам угодил в ловушку, которую готовил для сына, и послал выведать о настроениях своего внука Султан-Махмуда. Он даже обещал ему трон и клялся на Коране, что сделает его государем, если тот будет ему верен, звал внука в свои внутренние покои, убеждая, что этим поступком тот заслужит Божье благословение и бессмертную славу, так как все будут повторять, что Султан-Махмуд освободил деда из тюрьмы. Но внук отказался идти к нему и холодно отвечал, что должен вернуться к отцу с ключами от всех крепостных ворот. Войдя в Агру, Аурангзеб узнал, что отец благополучно выздоровел, и не собирается освобождать трон. Но власть, попавшую в руки, отдавать нелегко: сколько еще проживет отец? Аурангзеб назначил своего евнуха Этбар-хана комендантом крепости, и тот по его приказу немедленно арестовал Шах-Джахана и всех женщин и запер их в самых отдаленных покоях. Несколько дверей были заделаны, чтобы бывший повелитель не мог ни с кем говорить и даже выйти из своей комнаты без позволения. Не осталось ни одного эмира, который предпринял бы что-либо для своего бывшего повелителя, поднявшего их в свое время из грязи, может быть, даже из рабства, чтобы возвести на вершину богатств и почестей. Почти все перешли на сторону Аурангзеба…
Среди множества дел новый повелитель не забывал заботиться и о том, чтобы отца всегда держали взаперти. Кроме того, он пытался устроить брак своего третьего сына с дочерью Дары, чтобы закрепить его права на престол, но потерпел в этом деле неудачу. К тому же он не добился от отца, чтобы тот передал ему драгоценные камни, которые ему нужны были, чтобы завершить работу над знаменитым „Павлиньим троном“. Шах-Джахан отвечал, что пусть правитель занимается управлением государства и оставит в покое свой трон, что ему надоели разговоры об этих драгоценных камнях и уже припасены молотки, которые превратят их в пыль, если Аурангзеб снова заговорит о них.
Жестокий Ауранзеб хоть и держал отца в заточении со всеми предосторожностями, тем не менее оставил ему прежний штат женщин — танцовщиц, певиц, кухарок и т. д. Некоторым муллам он даже позволял встречаться с отцом, чтобы те читали ему Коран, так как Шах-Джахан стал чрезвычайно набожен. Иногда ему приводили парадных лошадей или ручных газелей, между которыми устраивались бои, разнообразных охотничьих птиц или диковинных зверей для забавы, как это было раньше. Но что это было для бывшего повелителя Индии, величие которого когда-то было безграничным, имя которого повергало в трепет подданных и соседей, взгляд которого был страшнее молнии…
Шел уже 1659 год. У тюремного окна крепости стоял Великий Могол, и ничего у него больше не было, кроме одной радости — этого окна-бойницы в стене. Но оно не вмещало ни рыжих пропыленных долин, ни темных кущ манговых деревьев у храмов, ни глиняных деревенских домиков. Из тяжелой каменной рамы виден был лишь легкий, как облако, белый мавзолей давно умершей жены. Тяжело больной, отстраненный от власти, он часами смотрел на Тадж-Махал, где покоилась Мумтаз Махал, которую он так любил.
Со временем Аурангзебу, правда, удалось победить озлобленность отца, которая не покидала того со дня заточения. Достигнуто это было почтительными и покорными письмами, которые сын часто писал ему, спрашивая, как у оракула, совета; он оказывал отцу знаки своего сыновнего почтения и внимания, часто посылал подарки. Аурангзеб добился того, что Шах-Джахан тоже стал писать ему, касаясь в письмах государственных и правительственных дел, потом сам послал ему несколько драгоценных камней. А под конец отправил к нему дочь Дары и даже послал свое прощение и отцовское благословение.
После смерти Шах-Джахан тоже был погребен в гробнице Тадж-Махала — в одном склепе с женой. Сейчас в центральном зале мавзолея, украшенном орнаментом из золота и серебра, прямо над склепом лежат две каменные плиты: одна — над могилой Мумтаз Махал, другая — над могилой Шах-Джахана…