Однако, желая развеять свои сомнения, У. Акоста столкнулся с такими вещами, от которых впал уже не просто в уныние, а в полное отчаяние. Он начинает сомневаться в бессмертии души и даже находит подтверждение своему сомнению в Библии, в которой нигде об этом не говорится. А если сам Бог не упомянул о бессмертии души, значит, это придумали позднейшие толкователи священной книги? Уриель боялся мысли, что душа смертна, как и тело. Но если даже в Библии ничего не говорится о бессмертии души, тогда, значит, можно ссылаться на нее и не чувствовать себя еретиком…
И Уриель Акоста приступил к работе над трактатом „О смертности души человеческой“, но неожиданные обстоятельства не дали ему закончить ее. Однажды тетрадь, в которую он записывал свои мысли, похитили и передали в еврейскую общину, и в мае 1622 года раввины вызвали У. Акосту на допрос в синагогу Бет-Иаков. Ему предъявили его тетрадь и потребовали объяснений, на что он ответил, что не верит в бессмертие души, так как учение об этом не имеет под собой никакой почвы. Никто не возвращается из царства мертвых, следовательно, никто не может с уверенностью сказать, что оно действительно существует. А если это все же не так, то пусть ученые мужи опровергнут его утверждение.
Раввины потребовали, чтобы он отрекся от своих кощунственных мыслей и раскаялся. На это державшийся с достоинством У. Акоста твердо заявил, что его мысли — плод долгих раздумий, ведь разум для того и дан человеку, чтобы он мог мыслить. Раввины попытались убедить Акосту, что он поступает опрометчиво и идет на прямой конфликт с общиной, за что может быть отлучен от церкви, но тот остался непоколебимым. Терпение раввинов истощилось, и они единодушно решили предать дерзкого нечестивца анафеме. Уже через несколько дней, при большом стечении народа, в синагоге Бет-Иаков был оглашен приговор отступнику и еретику Уриелю Акосте:
Изгнать его как человека, который уже отлучен и проклят законом Божьим; чтобы никто с ним не разговаривал, кто бы ни был — ни мужчина, ни женщина, ни родственник, ни чужой; никто не высказывал бы ему расположения и не был бы с ним в сношениях под страхом подвергнуться самому такому же отлучению и быть изгнанным из нашей общины. Братьям У. Акосты отделиться от него в течение восьми дней.
Стоял май месяц. В садах Амстердама расцветали тюльпаны, и все люди радовались весне. Только для Уриеля Акосты не было весны: когда он появлялся на улицах еврейского квартала, люди переходили на другую сторону; со всех сторон он слышал зловещий шепот и оскорбления. В „Примере человеческой жизни“ он писал, что даже дети, наученные раввинами и своими родителями, собирались толпами на улице и громко поносили меня, осыпали разными оскорблениями, кричали, что я еретик и отступник; иногда даже толпились перед моими дверями, бросали камни и всячески старались вывести меня из себя, дабы я не мог обрести покоя даже в собственном доме.
Следуя приговору раввинов, братья отделились от У. Акосты, продав ему дом и выделив часть капитала. Материальное положение Акосты резко ухудшилось, его все игнорировали, кружок прежних единомышленников распался… Лишь мать не подчинилась приказу старейшин общины, да служанка Дигне осталась в доме. Только ночью Уриель обретал покой. Он выходил на улицу и долго гулял вдоль канала.
Это был тяжелый период в жизни философа, но он не впал в отчаяние. Живя уединенно, У. Акоста в 1624 году заново написал трактат о смертности человеческой души, только назвал его по-другому — „Исследование фарисейских традиций в сравнении с писаным законом Уриеля, еврейского юриста, с возражением некоему Семюэлю да Сильва, его лживому клеветнику“. В трактате он вновь подтвердил свои прежние мысли, что душа и тело появляются у человека одновременно и одновременно гибнут. Бог не вмешивается в дела природы; Он царствует, но уже не управляет. Философу удалось издать свое сочинение, но оно вызвало новую бурю возмущения в среде раввинов. Нечестивец, значит, и не думает смиряться! Более того, он заявляет, что Бог, сотворив мир, уже не вмешивается в его дальнейшее развитие! Следовательно, мир развивается без Бога — по своим собственным законам. Подобное учение граничило с безбожием, и такой дерзости еврейская община Амстердама еще не знала. Ну что ж? Если отлучение ничему не научило Акосту, он понесет самое суровое наказание. Раввины обратились к городским властям, чтобы те привлекли нечестивца к ответственности за богохульство, а его возмутительную книгу изъяли и уничтожили.