Власти Амстердама решили дело быстро и издали постановление о заключении Уриеля Акосты в тюрьму. Враги мечтали даже о смертной казни для вольнодумца и очень жалели, что в Голландии нет инквизиции. Но У. Акоста недолго пребывал в тюрьме, так как власти согласились на выплату им денежного штрафа в 300 флоринов. А трактат, возмутивший как еврейских раввинов, так и христианских священников, конфисковали и уничтожили.
После смерти матери в доме Акосты появилась особа, которая подружилась со служанкой Дигне. Сдержанная, чуткая и добрая девушка приглянулась Уриелю, но о браке с ней не могло быть и речи, пока с него не будет снята анафема. И он решил помириться со старейшинами, „подчинившись их желанию“. Акоста вновь вступил в еврейскую общину, но относительное благополучие длилось всего несколько дней: „сын моей сестры… донес на меня, потому что по способу приготовления пищи и другим делам обнаружилось, что я — не иудей“. Из-за этого доноса разгорелась новая война, усилившаяся тем, что Уриель отсоветовал двум христианам вступать в иудейскую общину. От него снова потребовали отречься от своих взглядов, вернуться в общину и строго исполнять все ее требования и предписания.
„И прочтено было определение: мне надлежало войти в синагогу в траурной одежде, держа в руке свечу из черного воска, и перед лицом всего собрания прочитать написанные ими гнусные слова, в которых они выставляли совершенные мною поступки вопиющими к небу… Загорелось у меня сердце, и я запылал неугасимым гневом; но сдерживая себя, я просто ответил, что не могу этого исполнить“.
Уриеля вновь предали анафеме. Его громили в синагоге, против него сочиняли памфлеты, распространяли злобные брошюры и клеветнические воззвания. Опять начались оскорбления и преследования, опять летели камни в окна его дома, на улице вновь осыпали бранью, а случалось, что и плевали ему в лицо Акосту травили повсюду, чтобы он почувствовал: богохульнику нет места в этом мире. Он сносил все молча, ибо жалел этих людей. А одиночество его между тем все усугублялось. Он впал в бедность, потому что с ним отказывались заключать сделки, и некогда богатый дом Уриеля Акосты пришел в запустение. Много лет он прожил мрачным и подавленным, неравная борьба с еврейской общиной подтачивала его силы и здоровье, и в 1640 году, измученный одиночеством и раздавленный нуждой 57-летний философ вновь пришел в синагогу Бет-Иаков.
Опять стояла весна, расцветали в садах яркие тюльпаны, солнце озаряло городские улицы, только в синагоге царил полумрак. В ней собралось много людей, лица которых выражали ожидание и любопытство. Хамам читал проповедь о происках сатаны, и все присутствующие соглашались с ним. Но вот ввели Акосту — спокойного, с кротким и бледным лицом…
Я взошел на деревянный помост, устроенный посреди синагоги для проповедей и других надобностей, и отчетливо прочел составленную ими записку, в которой содержалось признание, будто я достоин тысячекратной смерти за мои проступки, а именно: за нарушение субботы, за отпадение от веры, которую я настолько оскорбил, что даже другим отсоветовал принимать иудейство. В искупление моих проступков я соглашался подчиниться их распоряжению и исполнить все, что мне будет предложено, с обещанием не впадать вновь в подобные заблуждения и грехи.
Затем Акосту направили в угол синагоги, где поставили на колени и велели обнажиться.
Я обнажил тело до пояса, повязал голову платком, разулся и, вытянув руки, обнял ими нечто вроде колонны. Подошел привратник и привязал мои руки к этой колонне веревкой. Затем подошел ко мне кантор и, взяв бич, нанес мне 39 ударов по бокам, — согласно обычаю, ибо закон велит не переступать число сорок… Во время бичевания пели псалом. После этого я сел на пол. Ко мне подступил проповедник… и разрешил меня от отлучения. Итак, „открывались теперь перед мной врата небесные“, которые прежде были заперты крепчайшими засовами и не давали мне переступить порог. Затем я оделся, подошел к порогу синагоги и простерся на нем, причем привратник придерживал мою голову. И вот все выходящие из синагоги стали переступать через меня…
После этого Уриель один-одинешенек вернулся домой. В еврейской общине опять наступили мир и порядок: блудный сын вернулся, раскаялся и обещал никогда больше не смущать умы верующих. А Уриель в это время писал свои последние строки, в которых изливал на своих мучителей весь гнев наболевшей души. В страстных словах, полных горечи и негодования, он клеймил „преступнейших из смертных и отцов всяческой лжи“ за то, что они лишают людей возможности рассуждать и мыслить и стремятся погасить в них свет разума. Торжествующим победу раввинам он бросал слова о правоте своего дела, ибо верил в него. А когда была дописана последняя страничка этого письма-исповеди, Уриель Акоста ушел из жизни, оставив последнее слово за собой…